北京大学基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部)。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，基础医学系正式更名为基础医学院。2000年5月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院。学院现设9个系、1个室、1个研究所和1个医学实验教学中心。其中有两门课程被评为“国家理科基础科学教学和研究人才培养基地的名牌课程”，四门课程被评为“国家理科基地创建名牌项目”。拥有“生物学”和“基础医学”2个博士学位授权的一级学科（涵盖12个二级学科)、8个国家重点学科、2个博士后流动站、4个省（部)级重点实验室，拥有一些国际先进水平的科研基地和实验技术平台。在2003年全国基础医学一级学科评估中，基础医学院在学术队伍、科学研究、人才培养和学术声誉等四个方面的整体水平排名荣获第一。现在的基础医学院已成为国内较著名的，以发展多层次基础医学教育，研究人类生命科学和防治疾病的基础理论为主要任务的教学科研中心之一，是国家基础医学领域高级专门人才的培训基地之一。
　　基础医学院目前承担所有医学专业学生（包括留学生)的基础医学课程教学。自1978年恢复研究生招生以来，已招收研究生1388名，其中博士生487人（有3篇论文获得全国优秀博士论文)、硕士生901人。目前博士后流动站在站人员19名、在读博士和硕士研究生328名。已招收基础医学和医学实验技术两个专业的学生1413人。学院还承担了卫生部下达的培训全国医药院校中青年教师的任务；承担了接受国内访问学者和进修学员的教学任务；并举办多种类型的继续教育项目。我们培养的学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创新潜力大等优点多次受到国内、外的教育和研究部门的赞誉。许多毕业生已成为国内外生物医学学科的学术带头人或学术骨干。
　　基础医学院现有教职工371人，其中教授51人、副教授55人；具有博士学位者71人，硕士学位者84人。学院以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一批国内外著名的专家学者。其中中国科学院院士3人、工程院院士1人、“长江计划特聘教授”5人、获“国家杰出青年科学基金”4人、获“全国优秀教师奖”3人、获国家人事部和卫生部授予“突出贡献中青年科技专家”8人、获教育部跨世纪优秀人才5人、获“北京市优秀教师奖”10人、享受国务院颁发政府特殊津贴30人、博士生导师38人。此外有100余人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体担任要职。学院的各项教学改革工作不断发展，总体水平一直处于全国领先地位。围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，培养高素质医学人才的教学目标，出版了许多高质量的高等学校本、专科教材、参考书及辅导教材。计算机辅助教学工作在基础医学院具有相当规模和较大的影响力，曾获教育部、北京市多项奖励。学院的整体教学改革项目荣获国家和北京市教学成果奖。
基础医学院主要从事生物医学领域的基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力。1980年-2003年获得各类科技成果奖150余项。其中国家自然科学奖3项、国家科技进步奖4项、部委和北京市科技进步奖130项、国家及国际发明专利40余项、其他科技成果奖13项；2000年-2003年发表科研论文1350余篇。其中在国外学术刊物上发表200余篇，SCI收录刊物发表240余篇；2000年-2003年承担各类科研课题380余项，共获科研经费约15000万元。其中承担“973国家重点基础研究项目”子课题18项，获准“973”项目经费2536万元；承担国家科技攻关项目和“863高技术项目”24项，获经费2530万元；承担国家自然科学基金项目88项，获经费2110万元。
　　基础医学院近年来逐渐加强生物技术和医药产品的研究开发，在科技开发工作中也取得一些重大进展。在基因工程药物、肿瘤的免疫治疗、自身免疫病治疗、心血管疾病的基因治疗、干细胞治疗神经系统退行性疾病和角膜疾病、诊断试剂研制等领域，一批研究开发项目已取得动物实验或临床试用的良好效果，具有很好的应用前景。
　　基础医学院十分重视国际间医学的交流与合作，注重借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高整体办学水平。与世界一流医学院校和科研机构开展项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式，已建立了广泛的密切联系。例如2003年我院成功举办了“SARS 临床、病理和发病机制国际研讨会”。2004年7月15－17日，我们还将与北美华人医学遗传学会等相关单位，主办“北京2004年医学遗传学国际学术研讨会”。最近几年学院先后共举办了9次国际会议或研讨会，这些活动促进和推动了全国医学的发展，对世界医学的发展也有贡献。历经50年的发展历程，北京大学基础医学院已经处于国内领先地位，成为了国内外知名的医学教学和研究基地。