药物化学博士点批准于2003年（硕士点获准于1986年)，拥有一支学识渊博、治学严谨的师资队伍。博士点现有教授3名、副教授2名。下属中药与天然药物研究室、化学制药研究组合化学及分子多样性导向合成一室和药物化学研究室三个研究室，分别进行中药与天然产物化学、天然药物、组合化学、合理药物设计与构效关系研究三个方向的研究工作，近年来承担多项国家、省市科研项目及企业合作项目。
中药与天然产物研究方向学科带头人赵昱教授研究方向为针对抗肿瘤、抗乙肝病毒、抗老年性痴呆、抗糖尿病药物，采用现代化的分析、分离手段从传统中药中活性追踪发现先导化合物，从分子水平上研究其作用机制进而进行结构改造和优化，并运用生物技术对重要天然产物的生物转化及衍生物构效关系进行研究以期实现规模化生产。目前已有多个抗乙型病毒性肝炎先导化合物和抗糖尿病天然先导化合物，申请了多项国际及国内专利。
合理药物设计、构效关系与药物合成研究方向学科带头人胡永洲教授多年来选择抗肿瘤、老年用药、生殖健康用药及杂环化合物合成方法学为研究对象，根据靶物质的结构要求，研究设计新药分子，探索一系列已知药物的三维结构与生物活性的定量关系反推已知靶物质的结构，另一方面结合手性药理学和细胞分子生物学技术，研究手性先导化合物的生物效应差异。目前一类新药地非三唑已获SFDA的临床研究批文，二类新药依西美坦原料药及制剂、胶囊已获新药证书并获省科技进步二等奖。近三年，发表学术论文50余篇，其中SCI论文30余篇。
在研纵向课题：
1. 茚酮类AchE抑制剂的设计、合成与构效关系研究(国家自然科学基金 )
2. 新型低氧选择性抗肿瘤药物的设计、合成和QSAR研究(国家自然科学基金 )
3. 苯氧茚酮类乙酰胆碱酯酶抑制剂的设计、合成与构效关系研究(教育部博士点专项基金)
4. 手性N-苄基哌啶类的立体选择性吸收代谢与构效关系研究 (省自然科学基金重点项目)
5. 新型抗早老痴呆药的合成与药效学研究(省重点科研项目)
6. 新型低氧选择性抗肿瘤药物的合成和药理研究(省重点科研项目)
俞永平教授的研究方向为采用组合化学及分子多样性导向合成有机小分子化合物库, 近来的研究重点为合成针对抗肿瘤、抗病毒的杂环类化合物库并进行筛选以期发现药物的先导化合物。同时也进行药物合成中的方法学研究及重要天然活性化合物的结构修饰和全合成研究。近期的研究工作发表在Journal of the American Chemical Society, Journal of Combinatorial Chemistr, Organic Lett 等期刊. 研究方法曾被JOC期刊制成封面。目前主持国家及浙江省基金多项。
