内蒙古医学院创建于1956年，是新中国在少数民族地区最早建立的一所高等医药院校，当时隶属国家卫生部，后划归内蒙古自治区管理。建院初期，原北京医科大学、中国医科大学、哈尔滨医科大学等著名高校的一批专家、教授支边来内蒙古医学院工作，为学院的发展奠定了坚实的基础。
　　 改革开放以来，在党的基本路线、教育方针和民族政策的指引下，学院得到了快速发展和长足进步，形成了“严谨、求实、团结、奋进”的良好校风，教学质量、学术水平和医疗技术不断提高，成为了内蒙古自治区医学教育的龙头，发挥着示范、辐射和带动作用。如今，学院设有基础医学院等十一个教学单位、两所成人教育分院和一所卫生技术学校。开设临床医学、中医学、药学、护理学、麻醉学、口腔学、影像学、医学检验，药品营销，眼视光技术等31个本专科专业和9个专业方向。有4个学科门类（医学、理学、工学、管理学)，有21个学科和专业具有硕士学位授予权。学院现有各级各类在校生10000余人，形成了以培养本科生为主，同时培养研究生、专科生、留学生的多层次，多专业，多形式的办学格局。学院新购置土地1400余亩规划建设的新校区一期工程五大单体建筑已基本完工，并将投入使用。
　　内蒙古自治区心血管研究所和骨科研究所设在内蒙古医学院。学院设有药物研究所、蒙药研究所和眼科等9个研究室。拥有3个自治区重点学科、2个自治区重点实验室、6个自治区临床医学领先学科、4个自治区临床医学重点学科和5个自治区基础医学与预防医学重点实验室。学院建有分子生物学中心、化学实验中心、电镜中心、计算机网络中心、动物实验中心及8个大型多媒体教室和5个大型语音教室。为实现教育资源的共同开发和合理利用，学院已将所有实验室整合完毕，在全院建立实验室的二级管理模式。学院每年积极筹措资金用于重大科研项目建设，科研工作逐步得到加强。学院图书馆是全国医学文献资源共享网络省级中心馆之一，建有电子图书馆和大型电子阅览室。医学.全.在线.网.站.提供
　　学院有技术力量雄厚，设备先进的第一附属医院、第二附属医院和附属人民医院三所大型直属附属医院，总床位数2600张；包钢职工医院、内蒙古一机厂医院两所大型医院分别为学院的第三、第四附属医院；学院设有18所教学医院。目前，第一附院新建66000 ｍ2住院部大楼、第二附院新建17000ｍ2门诊住院综合大楼都已投入使用，临床教学基地充足而且教学条件与环境十分优越。
　　学院具有一支素质优良，结构合理的师资队伍。目前全院教职工总数3686名（含第一附院和第二附院)，其中有正高级职称人员94名，副高级职称人员465名；博士学位人员38名，博士生导师2名（与北京中医药大学联合招生)，博士生副导师2名（北大医学部聘请)，硕士生导师376名；有19人被评为国家和自治区有突出贡献的中青年专家，53人享受政府特殊津贴。
　　学院积极扩大对外交流，与日本、美国、英国、德国、荷兰、澳大利亚、加拿大、新西兰、俄罗斯、蒙古国等10多个国家和地区的部分医药院校和科研单位建立了良好的合作关系，开展了多层次、多领域的学术交流与合作，并聘请国外名誉教授30余名。最近，学院与澳大利亚西悉尼大学签订了联合办学协议书，将以护理学院为基地与对方开展联合办学。
　　目前，学院广大教职工在院党委的领导下，高举邓小平理论伟大旗帜，努力实践“三个代表”重要思想，同心同德、锐意改革、抓住机遇、与时俱进、开拓创新，为培养适应新世纪需要具有创新精神的高素质医药学人才，为实现学院的新的腾飞而不懈追求，努力奋斗。