学校设有党委（院)办公室、组织部、宣传（统战)部、保卫（武装)部、纪检监察审计处、教务处、教学保障处、科研处、临床管理处、学生处、人事处、国际交流与对外合作构处、计划财务处、基建处、后勤处、校团委等机关职能部门。设有基础医学院、人文信息管理学院、临床医学院、药学院、检验医学院、护理学院、医学影像系、生物医学系、公共卫生系、心理学系、思想政治理论课教学部等教学单位。有教育技术中心、图书馆等教辅机构。有科研中心、四川应用心理学研究中心、发育与再生实验室、成都医学院药物研究所、成都医学院高等教育研究室、《成都医学院学报》编辑部等教研机构。有附属医院11所（含非直管附属医院)。并设有教学、科研、管理相关的专业委员会等辅助决策机构。