复旦大学药学院创建于1936年，是我国办学历史悠久、学科齐全、师资力量雄厚的著名药学院校之一。创立初期名为国立上海医学院药学专修科，继后分别更名为国立上海医学院药科、国立上海医学院药学院、上海第一医学院药学系、上海医科大学药学院。2000年4月，原上海医科大学与复旦大学合并，遂定名为复旦大学药学院。复旦大学药学院为国家首批博士学位授予单位并在1998年获得药学一级学科博士学位授予权，1999年建立药学一级学科博士后流动站，2002年与生命科学学院联合设立了国家生命科学与技术人才培养基地—生物医药点,2007年药剂学科被遴选为国家重点学科，药理学科被遴选为上海市重点学科。目前是全国高等医学教育学会药学教育研究分会副理事长单位。
药学院下设药物化学学科、药剂学学科、药理学学科和临床药学学科四大学科群，其中：药物化学学科群主要由合成药物化学、生物合成药物化学、天然药物化学和生药学组成；药剂学学科群主要由药剂学、物理化学、放射药学、药物分析学组成；药理学学科群主要由药理学和生物化学组成；临床药学学科群主要由临床药学和药事管理学组成。拥有一个本科实验教学中心、七个技术支撑平台（国家重大创制新药专项综合性大平台、抗病毒药物筛选与药效评估技术平台医.学全.在.线网站www.med126.com、新制剂与新释药系统技术平台、GLP实验动物中心和仪器测试中心、国家中医药管理局中药制剂和中药生药分析三级实验室)、卫生部上海市临床药学研究与培训中心、《中国临床药学杂志》社。现有教职员工134人，其中正高职称教师（教授、研究员)23人，副高职称教师（副教授、副研究员)27人。其中，博士生导师23名、硕士生导师25名。
药学院作为复旦大学药学学科的主体，学校给予了重点建设。在“985”一、二、三期和“211”三期建设中，药学院在科研支撑条件、人才和整体科研实力方面均有显著提高。引进‘千人计划’特聘教授（3人)等一批优秀人才。近年来，药学院在教学、科研和新药研发领域发展势头强劲，取得了“国家重点学科”、“国家教学成果二等奖”、“全国百篇优秀博士论文”、“国家精品课程”、“国家重大创制新药综合性大平台、单元平台、关键技术和侯选药物”、“国家重大科学研究计划项目(973)的首席科学家(2位)”、“国家自然基金委杰出青年基金(2项)”等国家级重大项目/成果。近期，又获得教育部和总后智能化给药重点实验室的建设立项。学院的国内外交流与合作活跃，成为复旦大学14个进入ESI学科之一。学院教授开始在国际重要学术期刊上担任副主编和编委，我院的国际影响力逐年提升。
药学院已于2009 年初整体搬迁张江新址，地处“中国药谷”，迎来了学院建设的快速发展和再次腾飞的新机遇！
