DNA双螺旋(DNA double helix)：
一种核酸的构象，在该构象中，两条反向平行的多核苷酸链围绕彼此缠绕形成一个右手的双螺旋结构。碱基位于双螺旋内侧,磷酸与糖基在外侧，通过磷酸二酯键相连,形成核酸的骨架。碱基平面与假想的中心轴垂直,糖环平面则与轴平行。两条链皆为右手螺旋。双螺旋的直径为2nm，碱基堆积距离为0.34nm，两核苷酸之间的夹角是36°，每对螺旋由10对碱基组成，碱基按A-T, G-C配对互补，彼此以氢键相连系。维持DNA双螺旋结构稳定的力主要是碱基堆积力。双螺旋表面有两条宽窄、深浅不一的一个大沟和一个小沟。
大沟(major groove)和小沟(minor groove)：
绕B-DNA双螺旋表面上出现的螺旋槽（沟)，宽的沟称之大沟，窄沟称之小沟。大沟、小沟都是由于碱基对堆积和糖-磷酸骨架扭转造成的。
DNA超螺旋（DNA supercoiling):DNA本身的卷曲，一般是DNA双螺旋的弯曲、欠旋（负超螺旋)或过旋（正超螺旋)的结果。
拓扑异构酶（topoisomerase):
通过切断DNA的一条或两条链中的磷酸二酯键，然后重新缠绕和封口来改变DNA连环数的酶。拓扑异构酶I通过切断DNA中的一条链减少负超螺旋，增加一个连环数；而拓扑异构酶II切断DNA的两条链增加负超螺旋，减少2 个连环数。某些拓扑异构酶II也称之DNA促旋酶。
核小体（nucleosome)：用于包装染色质的结构单位，是由DNA链绕一个组蛋白核缠绕构成的。
染色质(chromatin)：是存在于真核生物间期细胞核内，易被碱性染料着色的一种无定形物质。染色质中含有作为骨架的完整的双链DNA，以及组蛋白、非组蛋白和少量的RNA。
染色体(chromosome)：
是染色质在细胞分裂过程中经过紧密缠绕、折叠、凝缩和精细包装形成的具有固定形态的遗传物质存在形式。简言之，染色体是一个大的单一的双链DNA分子与相关蛋白质组成的复合物，DNA中含有许多基因，贮存和传递遗传信息。
DNA变性(DNA denaturation)：DNA双链解链分离成两条单链的现象。
退火（annealing): 即DNA由单链复性变成双链结构的过程。来源相同的DNA单链经退火后完全恢复双链结构，同源DNA之间、DNA和RNA之间退火后形成杂交分子。
融解温度(melting temperature, Tm)：双链DNA融解彻底变成单链DNA的温度范围的中点温度。
增色效应（hyperchromic effect)：当双螺旋DNA融解（解链)时，260nm处紫外吸收增加的现象。
减色效应（hypochromic effect)：随着核酸复性，紫外吸收降低的现象。
核酸内切酶(endonuclease)：核糖核酸酶和脱氧核糖核酸酶中能够水解核酸分子内磷酸二酯键的酶。
核酸外切酶(exonuclease)：从核酸链的一端逐个水解下核苷酸的酶。
限制性内切酶（restriction endonucleases):一种在特殊核苷酸序列处水解双链DNA的内切酶。I型限制性内切酶既催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而II型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。
限制酶图谱(restriction map)：
同一DNA用不同的限制酶进行切割从而获得各种限制酶的切割位点，由此建立的位点图谱有助于对DNA的结构进行分析。
反向重复序列 (inverted repeat sequence)：
在同一多核苷酸链内的相反方向上存在的重复的核苷酸序列。在双链DNA中反向重复可能引起十字形结构的形成。
重组DNA技术（recombination DNA technology):
也称之基因工程(genomic engineering)。利用限制性内切酶和载体，按照预先设计的要求，将一种生物的某种目的基因和载体DNA重组后转人另一生物细胞中进行复制、转录和表达的技术。
基因（gene):也称之顺反子（cistron)。泛指被转录的一个DNA片段。在某些情况下，基因常用来指编码一个功能蛋白或RNA分子的DNA片段。
分解代谢反应（catabolic reaction):降解复杂分子为生物体提供小的构件分子和能量的代谢反应。
合成代谢反应（anabolic reaction)：合成用于细胞维持和生长所需要的分子的代谢反应。
反馈抑制（feedback inhibition)：催化一个代谢途径中前面反应的酶受到同一途径的终产物抑制的现象。
前馈激活（feed-forward activation)：代谢途径中一个酶被该途径中前面产生的代谢物激活的现象。
标准自由能变化（ΔG°)（standard free-energy change):
在一系列标准条件（温度：298K；压力：1个大气压；所有溶质的浓度都是1M)下发生的反应的自由能变化。ΔG°ˊ表示pH7.0条件下的标准自由能变化。
标准还原电位（E°ˊ)（standard reduction potential)：
25℃和pH7.0条件下一个还原剂和它的氧化形式在1M浓度下表现出的电动势。
酵解(glycolysis)：一个由10步酶促反应组成的糖分解代谢途径，通过该途径，一分子葡萄糖转换为两分子丙酮酸，同时净生成两分子ATP和两分子NADH。
发酵(fermentation)：营养分子（例如葡萄糖)产能的厌氧降解，在乙醇发酵中，丙酮酸转化为乙醇和CO2。
巴斯德效应(Pasteur effect)：氧存在下，酵解速度放慢的现象。
底物水平磷酸化(substrate phosphorylation)：
ADP或某些其它的核苷-5ˊ-二磷酸的磷酸化是通过来自一个非核苷酸底物的磷酰基的转移实现的。这种磷酸化与电子传递链无关。
柠檬酸循环（citric acid cycle):
也称之三羧酸循环(tricarboxylic acid cycle)，Krebs 循环（Krebs cycle)。是用于乙酰CoA中的乙酰基氧化生成CO2的酶促反应的循环系统，该循环的第一步反应是由乙酰CoA和草酰乙酸缩合形成柠檬酸。
回补反应（anaplerotic reaction)：酶催化的补充柠檬酸循环中间代谢物的供给的反应，例如由丙酮酸羧化生成草酰乙酸的反应。
乙醛酸循环（glyoxylate cycle):
是某些植物、细菌和酵母中柠檬酸循环的修改形式，通过该循环可以由乙酰CoA经草酰乙酸净生成葡萄糖。乙醛酸循环绕过了柠檬酸循环中生成两个CO2的步骤。
戊糖磷酸途径（pentose phosphate pathway)：
也称之磷酸己糖支路（hexose monophosphate shunt)。是一个葡萄糖-6-磷酸经代谢产生NADPH和核糖-5-磷酸的途径。该途径包括氧化和非氧化两个阶段，在氧化阶段，葡萄糖-6-磷酸转化为核酮糖-5-磷酸和CO2,并生成两分子的NADPH；在非氧化阶段，核酮糖-5-磷酸异构化生成核糖-5-磷酸或转化为酵解中的两个中间代谢物果糖-6-磷酸和甘油醛-3-磷酸。
糖醛酸途径(glucuronate pathway)：
从葡萄糖-6-磷酸或葡萄糖-1-磷酸开始，经UDP-葡萄糖醛酸生成葡萄糖醛酸和抗坏血酸的途径。但只有在植物和那些可以合成抗坏血酸（维生素C)动物体内，通过该途径可以合成维生素C。
无效循环（futile cycle)：
也称之底物循环（substrate cycle)。一对催化两个途径的中间代谢物之间循环的方向相反、代谢上不可逆的反应。有时该循环通过ATP的水解导致热能的释放。例如，葡萄糖＋ATP＝葡萄糖-6-磷酸＋ADP与葡萄糖-6-磷酸＋H2O＝葡萄糖＋Pi反应组成的循环反应，其净反应实际上是ATP＋H2O＝ADP＋Pi。
磷酸解（作用)（phosphorolysis):在分子内通过引入一个无机磷酸形成磷酸酯键而使原来键断裂的方式。实际上引入了一个磷酰基。
半乳糖血症（galactosemia):人类的一种基因型遗传代谢缺陷，特点是由于缺乏1-磷酸半乳糖尿苷酰转移酶导致婴儿不能代谢奶汁中乳糖分解生成的半乳糖。
尾部生长（tailward growth):一种聚合反应机理，经过活化的单体的头部结到聚合物的尾部，连接到聚合物尾部的单体的尾部又成了接收下一个单体的受体。
糖异生作用(gluconeogenesis)：
由简单的非糖前体转变为糖的过程。糖异生不是糖酵解的简单逆转。虽然由丙酮酸开始的糖异生利用了糖酵解中的7步近似平衡反应的逆反应，但还必须利用另外4步酵解中不曾出现的酶促反应绕过酵解中的三个不可逆反应。
呼吸电子传递链（respiratory electron-transport chain)：
由一系列可作为电子载体的酶复合体和辅助因子构成，可将来自还原型辅酶或底物的电子传递给有氧代谢的最终电子受体分子氧（O2)。
氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)：
电子从一个底物传递给分子氧的氧化与酶催化的由ADP和Pi生成ATP的磷酸化相偶联的过程。
化学渗透理论(chemiosmotic theory)：
一种学说，主要论点是底物氧化期间建立的质子浓度梯度提供了驱动由ADP和Pi形成ATP的能量。
解偶联剂（uncoupling agent):一种使电子传递与ADP磷酸化之间的紧密偶联关系解除的化合物，例如2,4-二硝基苯酚。
P/O比(P/O ratio)：
在氧化磷酸化中，每1/2O2被还原时形成的ATP的摩尔数。电子从NADH传递给O2时，P/O比为3，而电子从FADH2传递给O2时，P/O比为2。
高能化合物(high energy compound)：在标准条件下水解时自由能大幅度减少的化合物。一般是指水解释放的能量能驱动ADP磷酸化合成ATP的化合物。
叶绿体（chloroplast)：藻类和植物中含有叶绿素进行光合作用的器官。
叶绿素（chlorophyll)：光合作用膜中的绿色色素，它是光合生物中主要的捕获光的成分。
辅助色素（accessory pigments):在植物和光合细菌中象类胡萝卜素、叶黄素和藻胆（色)素那样吸收可见光的色素，这类色素是对叶绿素捕获光能的补充。
光合作用(photosynthesis)：绿色植物或光合细菌利用光能将CO2转化成有机化合物的过程。
光合磷酸化(photophosphorylation)：在叶绿体ATP合成酶催化下依赖于光的由ADP和Pi合成ATP的过程。
光反应(light reactions)：光合色素将光能转变成化学能并形成ATP和NADPH的过程。
暗反应(dark reactions)：利用光反应生成的ATP和NADPH的化学能使CO2还原成糖或其它有机物的一系列酶促过程。
Calvin 循环（Cavin cycle):
也称之还原戊糖磷酸循环（RPP cycle: reductive pentose phosphate cycle)，C3途径（C3 pathway)。在光合作用期间，将CO2还原转化为糖的反应循环。是植物用于固定二氧化碳生成磷酸丙糖的循环途径。
C4途径（C4 pathway)：
一些植物中固定碳的途径，其特点是通过使CO2浓缩减少光呼吸。在该途径中，在叶肉细胞CO2被整合到C4酸中，然后C4酸在维管束鞘细胞被脱羧，释放出的CO2被Calvin 循环利用。
光呼吸（photorespiration)：
植物依赖光摄取氧进行磷酸乙醇酸代谢的过程。光呼吸之所以发生是由于O2可以与CO2竞争核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶的活性部位。
β氧化途径(βoxidation pathway)：
是脂肪酸氧化分解的主要途径，脂肪酸被连续地在β碳氧化降解生成乙酰CoA，同时生成NADH和FADH2，因此可产生大量的ATP。该途径因脱氢和裂解均发生在β位碳原子而得名。每一轮脂肪酸β氧化都是由4步反应组成：氧化、水化、再氧化和硫解。
肉毒碱穿梭系统（carnitine shuttle system):脂酰CoA通过形成脂酰肉毒碱从细胞质转运到线粒体的一个穿梭循环途径。
酮体(acetone body)：在肝脏中由乙酰CoA合成的燃料分子（β羟基丁酸、乙酰乙酸和丙酮)。在饥饿期间酮体是包括脑在内的许多组织的燃料，酮体过多将导致中毒。
柠檬酸转运系统（citrate transport system):
将乙酰CoA从线粒体转运到细胞质的穿梭循环途径。在转运乙酰CoA的同时，细胞质中的NADH氧化成NAD＋、NADP＋还原为NADPH。每循环一次消耗2分子ATP。
酰基载体蛋白（ACP, acyl carrier protein)：通过硫酯键结合脂肪酸合成的中间代谢物的蛋白质（原核生物)或蛋白质的结构域（真核生物)。
生物固氮作用(Biological nitrogen fixation)：大气中的氮被还原为氨的过程。生物固氮只发生在少数的细菌和藻类中。
尿素循环（urea cycle):是一个由4步酶促反应组成的可以将来自氨和天冬氨酸的氮转化为尿素的代谢循环。该循环是发生在脊椎动物肝脏中的一个代谢循环。
脱氨(deamination)：在酶的催化下从生物分子（氨基酸或核苷酸分子)中除去氨基的过程。
氧化脱氨（oxidative deamination)：α-氨基酸在酶的催化下脱氨生成相应α-酮酸的过程。氧化脱氨过程实际上包括脱氢和水解两个步骤。
转氨酶（transaminases)：也称之氨基转移酶（aminotransferases)。催化一个α-氨基酸的α-氨基向一个α-酮酸转移的酶。
转氨(transamination)：一个α-氨基酸的α-氨基借助转氨酶的催化作用转移到一个α-酮酸的过程。
乒乓反应（ping-pong reaction)：
在该反应中，酶结合一个底物并释放出一个产物，留下一个取代酶，然后该取代酶再结合第二个底物和释放出第二个产物，最后酶恢复到它的起始状态。
生糖氨基酸(glucogenic amino acids)：那些降解能生成可作为糖异生前体分子，例如丙酮酸或柠檬酸循环中间代谢物的氨基酸。
生酮氨基酸(acetonegenic amino acid)：那些降解可生成乙酰CoA或酮体的氨基酸。
苯酮尿症（phenylketonuria):
是由于苯丙氨酸羟化酶缺乏引起苯丙酮酸堆积的代谢遗传病。缺乏苯丙氨酸羟化酶，苯丙氨酸只能靠转氨生成苯丙酮酸，病人尿中排出大量苯丙酮酸。苯丙酮酸堆积对神经有毒害，智力发育出现障碍。
尿黑酸症（alcaptonuria):
是酪氨酸代谢中缺乏尿黑酸氧化酶引起的代谢遗传病。这种病人尿中含有尿黑酸，在碱性条件下暴露于氧气氧化并聚合为类似于黑色素的物质，从而使尿成黑色。
核苷磷酸化酶(nucleoside phosphorylase)：能分解核苷生成含氮碱和戊糖的磷酸酯的酶。
核苷水解酶(nucleoside hydrolase)：能分解核苷生成含氮碱和戊糖的酶。
从头合成(de novo synthesis )：
生物体内用简单的前体物质合成生物分子的途径，例如核苷酸的从头合成。
补救途径(salvage pathway)：
与从头合成途径不同，生物分子的合成，例如核苷酸可以由该类分子降解形成的中间代谢物，如碱基等来合成，该途径是一个再循环途径。
痛风（gout)：
是尿酸过量生产或尿酸排泄不充分引起的尿酸堆积造成的，尿酸结晶堆积在软骨、软组织、肾脏以及关节处。在关节处的沉积会造成剧烈的疼痛。
别嘌呤醇（allopurinol)：是结构上（嘌呤环上第7位是C，第8位是N)类似于次黄嘌呤的化合物，对黄嘌呤氧化酶有很强抑制作用，常用来治疗痛风。
自杀抑制作用（suicide substrate)：底物类似物经酶催化生成的产物变成了该酶的抑制剂。例如别嘌呤醇对黄嘌呤氧化酶的抑制就属于这种抑制类型。
Lesch-Nyhan综合症（Lesch-Nyhan )：
也称之自毁容貌症，是由于次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶的遗传缺陷引起的。缺乏该酶使得次黄嘌呤和鸟嘌呤不能转换为IMP和GMP，而是降解为尿酸，过量尿酸将导致Lesch-Nyhan综合症。
激素（hormone)：一类由内分泌组织合成的微量的化学物质，它由血液运输到靶组织，起着一个信使的作用调节靶组织（器官)的功能。
激素受体（hormone receptor)：
位于细胞表面或细胞内结合特异激素并引发细胞响应的蛋白质。
第二信使(second messenger)：响应外部信号（第一信使)，例如激素而在细胞内合成的效应分子，例如cAMP、肌醇三磷酸或二酰基甘油等。第二信使再去调节靶酶，引起细胞内各种效应。
级联放大(cascade)：
在体内的不同部位，通过一系列的酶促反应来传递一个信息，并且初始信息在传到系列反应的最后时，信号得到放大，这样的一个系列叫做级联系统。最普通的类型是蛋白水解和蛋白质磷酸化的级联放大。
G蛋白(G proteins)：
在细胞内信号传导途径中起着重要作用的GTP结合蛋白质，由α、β、γ三个不同亚基组成。与激素受体结合的配体诱导GTP与G蛋白结合的GDP进行交换，结果激活位于信号传导途径中下游的腺苷酸环化酶。G蛋白将胞外的第一信使肾上腺素等激素和胞内的腺苷酸环化酶催化的腺苷酸环化生成的第二信使cAMP联系起来。G蛋白具有内源GTP酶活性。
激素效应元件（hormone response elements, HRE)：
是指类固醇、甲状腺素等激素受体结合的一段短的DNA序列（12～20bp)，这类受体结合DNA后可改变相邻基因的表达。
半保留复制(semiconservative replication)：
DNA复制的一种方式。每条链都可用作合成互补链的模板，合成出两分子的双链DNA，每个分子都是由一条亲代链和一条新合成的链组成。
复制叉（replication forks)：Y字型结构，在复制叉处作为模板的双链DNA解旋，同时合成新的DNA链。
DNA聚合酶（DNA polymerase)：
以 DNA为模板催化核苷酸残基加到已存在的聚核苷酸的3ˊ末端反应的酶。某些DNA聚合酶具有外切核酸酶的活性，可用来校正新合成的核苷酸序列。
Klenow 片段(Klenow fragment)：
E.coli DNA聚合酶I经部分水解生成的C末端605个氨基酸残基片段。该片段保留了DNA聚合酶I 的5ˊ-3ˊ聚合酶和3ˊ-5ˊ外切酶活性，但缺少完整酶的5ˊ-3ˊ外切酶活性。
前导链（leading strand)：与复制叉移动的方向一致，通过连续地5ˊ→3ˊ聚合合成的新的DNA链。
滞后链（lagging strand)：与复制叉移动的方向相反，通过不连续地5ˊ→3ˊ聚合合成的新的DNA链。
冈崎片段(Okazaki fragments)：
相对比较短的DNA链（大约1000核苷酸残基)，是在DNA的滞后链的不连续合成期间生成的片段，这是Reiji Okazaki 在DNA合成实验中添加放射性的脱氧核苷酸前体观察到的。
引发体（primosome):一种多蛋白复合体，E.coli中的引发体包括催化滞后链不连续DNA合成所需要的短的RNA引物合成的引发酶、解旋酶。
复制体(replisome)：一种多蛋白复合体，包含DNA聚合酶、引发酶、解旋酶、单链结合蛋白和其它辅助因子。复制体位于每个复制叉处执行着细菌染色体DNA复制的聚合反应。
单链结合蛋白（SSB，single-strand binding protein):
一种与单链DNA结合紧密的蛋白质，它的结合可以防止复制叉处的单链DNA本身重新折叠回双链区。
滚环复制（rolling-circle replication)：
复制环状DNA的一种模式，在该模式中，DNA聚合酶结合在一个缺口链的3ˊ端，绕环合成与模板链互补的DNA，每一轮都是新合成的DNA取代前一轮合成的DNA。
逆转录酶（reverse transcriptase):
一种催化以RNA为模板合成DNA的DNA聚合酶，具有RNA指导的DNA合成、水解RNA和DNA指导的DNA合成的酶活性。
互补DNA (cDNA , complementary DNA)：通过逆转录酶由mRNA模板合成的双链DNA。
聚合酶链式反应（PCR, polymerase chain reaction):
扩增样品中的DNA量和富集众多DNA分子中的一个特定DNA序列的一种技术。在该反应中，使用与目的DNA序列互补的寡核苷酸作为引物，进行多轮的DNA合成。其中包括DNA变性、引物退火和在Taq DNA聚合酶催化下的DNA合成。
直接修复（direct repair):
是通过一种可连续扫描DNA，识别出损伤部位的蛋白质将损伤部位直接修复的方法。该修复方法不用切断DNA或切除碱基。
切除修复（excision repair):
通过切除-修复内切酶使DNA损伤消除的修复方法。一般是切去损伤区，然后在DNA聚合酶的作用下以露出的单链为模板合成新的互补链，最后用连接酶将缺口连接起来。
错配修复（mismatch repair):
在含有错配碱基的DNA分子中使正常核苷酸序列恢复的修复方式。这种修复方式的特点是：识别出正确的链，切除掉不正确链的部分，然后通过DNA聚合酶和DNA连接酶的作用合成正确配对的双链DNA。
遗传学中心法则（genetic central dogma):
描述从一个基因到相应蛋白质的信息流的途径。遗传信息贮存在DNA中，DNA被复制传给子代细胞，信息被拷贝或由DNA被转录成RNA，然后RNA被翻译成多肽链。不过由于逆转录酶的发现，也可以以RNA为模板合成DNA。
转录（transcription):在由RNA聚合酶和辅助因子组成的转录复合体的催化下，从双链DNA分子中拷贝生物信息生成单一一条RNA链的过程。
模板链(template strand)：
可作为模板转录为RNA的那条链，该链与转录的RNA碱基互补（A-U, G-C)。在转录过程中，RNA聚合酶与模板链结合，并沿着模板链的3ˊ→5ˊ方向移动，按照5ˊ→3ˊ方向催化RNA的合成。
编码链（coding strand)：双链DNA中，不能进行转录的那条DNA链,该链的核苷酸序列与转录生成的RNA的序列一致（在RNA中是以U取代了DNA中的T)。
核心酶(core enzyme)：
大肠杆菌的RNA聚合酶全酶由五个亚基（α2ββ'δ)组成，没有δ亚基的酶叫核心酶。核心酶只能使已开始合成的RNA链延长，但不具有起始合成RNA的能力，必需加入δ亚基才表现出全部聚合酶的活性。
RNA聚合酶(RNA polymerase)：以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5ˊ-三磷酸合成RNA的酶。
启动子（promoter): NA分子中RNA聚合酶能够结合并导致转录起始的序列。
内含子（introns)：在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域。
外显子（exons)：既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域。
终止因子(termination factors)：协助RNA 聚合酶识别终止信号的辅助因子（蛋白质)。
核酶（ribozymes)：具有象酶那样催化功能的RNA分子。
剪接体（spliceosome):大的蛋白质-RNA复合体，它催化内含子从mRNA前体中除去的反应。
RNA加工过程（RNA processing)：
将一个RNA原初转录产物转换成成熟RNA分子的反应过程。加工包括从原初转录产物中删除一些核苷酸，添加一些基因没有编码的核苷酸，和对某些碱基进行共价修饰。
RNA剪接（RNA splicing)：从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子，并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。
翻译（translation)：在蛋白质合成期间将存在于mRNA上代表一个多肽链的核苷酸残基序列转换为多肽链氨基酸残基序列的过程。
遗传密码（genetic code):
核酸中的核苷酸残基序列与蛋白质中的氨基酸残基序列之间的对应关系。连续的3个核苷酸残基序列为一个密码，特指一个氨基酸。标准的遗传密码是由64个密码组成的，几乎为所有生物通用。
起始密码（iniation codon)：指定蛋白质合成起始位点的密码。最常见的起始密码是蛋氨酸密码：AUG。
终止密码（termination codon)：
任何tRNA分子都不能正常识别的、但可被特殊蛋白结合并引起新合成的肽链从翻译机器上释放的密码。存在三个终止密码：UAG，UAA和UGA。
密码子(codon)：
mRNA（或DNA)上的三联体核苷酸残基序列，该序列编码着一个指定的氨基酸，tRNA的反密码子与mRNA的密码子互补。
反密码子（anticodon):
tRNA分子的反密码环上的三联体核苷酸残基序列。在翻译期间，反密码与mRNA中的互补密码结合。
简并密码子(degenerate codon)：
也称之同义密码子（synonymous codon)。是指编码相同氨基酸的几个不同的密码子。
氨基酸臂（amino arm):也称之接纳茎（acceptor stem)。tRNA分子中靠近3ˊ端的核苷酸序列和5ˊ端的序列碱基配对，形成的可接收氨基酸的臂（茎)。
TψC臂（TψC arm)：tRNA中含有胸腺嘧啶核苷酸-假尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸残基序列的茎环结构。
氨酰-tRNA（aminoacyl-tRNA)：在氨基酸臂的3ˊ端的腺苷酸残基共价连接了氨基酸的tRNA分子。
同工tRNA（isoacceptor tRNA)：结合相同氨基酸的不同的tRNA分子。
摆动(wobble) ：
处于密码子3ˊ端的碱基和与之互补的反密码的5ˊ端的碱基之间的碱基配对有一定的宽容性，即处于反密码的5ˊ端的碱基（也称之摆动位置)，例如I可以与密码子上3ˊ端的U、C和A配对。由于存在摆动现象所以使得一个tRNA反密码子可以和一个以上的mRNA密码子结合。
氨酰-tRNA合成酶（aminoacyl-tRNA synthetase)：
催化特定氨基酸激活并共价结合在相应的tRNA分子3ˊ端的酶。
翻译起始复合体（translation initiation complex)：由核糖体亚基、一个mRNA模板、一个起始的tRNA分子和起始因子组成并组装在蛋白质合成起始点的复合体。
读码框( reading frame)：代表一个氨基酸序列的mRNA分子的非重叠密码序列。一个mRNA的读码框是由转录起始位置（通常是AUG密码)确定的。
SD序列（Shine-Dalgarno sequence)：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。
肽酰转移酶（peptidyl transferase)：蛋白质合成期间负责转移肽酰基和催化肽键形成的酶。
嘌呤霉素（puromycin)：通过整合到生长着的肽链，引起肽链合成提前终止来抑制多肽链合成的一种抗生素。
开放读码框(open reading frame)：DNA 或RNA序列中一段不含终止密码的连续的非重叠核苷酸密码。
信号肽（signal peptide):常指新合成多肽链中用于指导蛋白质跨膜转移（定位)的N-末端的氨基酸序列（有时不一定在N端)。
转录因子（transcription factor)：
在转录起始复合体的组装过程中，与启动子区结合并与RNA聚合酶相互作用的一种蛋白质。某些转录因子在RNA延伸时一直维持着结合状态。
操纵子（operons):是由一个或多个相关基因以及调控它们转录的操纵基因和启动子序列组成的基因表达单位。
操纵基因（operator)：与特定阻遏蛋白相互作用调控一个基因或一组基因表达的DNA区。
结构基因（structural gene)：编码一个蛋白质或一个RNA的基因。
转录激活剂（transcriptional activator)：通过增加RNA聚合酶的活性来加快转录速度的一种调节DNA结合蛋白。
阻遏物（repressor)：与一个基因的调控序列或操纵基因结合以阻止该基因转录的一类蛋白质。
衰减作用（attenuation)：一种翻译调控机制。在该机制中，核糖体沿着mRNA分子的移动的速率决定转录是进行还是终止。
亮氨酸拉链（leucine zipper):
出现在DNA结合蛋白质和其它蛋白质中的一种结构基元（motif)。当来自同一个或不同多肽链的两个两性的α-螺旋的疏水面（常常含有亮氨酸残基)相互作用形成一个圈对圈的二聚体结构时就形成了亮氨酸拉链。
锌指（zinc finger)：也是一种常出现在DNA结合蛋白质中的一种结构基元。是由一个含有大约30个氨基酸残基的环和一个与环上的4个Cys或2个Cys和2个His配位的Zn2＋构成，形成的结构象个手指状。
