韩忠朝说，“千万别忽视了人的传统观念对于自主创新的自然和非自然的制约。”
第二个难点在科学界自身。韩忠朝认为，科学界存在的官本位、论资排辈等现象在一定程度上阻碍了年轻人作用的发挥。他说，自主创新的最佳年龄段是30～45岁，这样的人是自主创新的主体，能不能让这些人充分发挥他们的聪明才智？除了整个社会大环境的问题，还存在很多学术界本身的问题。现在把院士看得太重，年轻人很难冒尖。
“实际上，创新就意味着改革，就要打破现有的一些习俗，要敢冒天下之大不韪，要突破一些老专家的观念和既有的观点，都不是那么容易的”他说。
第三个难点是，自主创新如何注重实际，注重效益，而不是盲目追求规模。韩忠朝说，现在，很多有关自主创新的投资都用在了硬件建设上，就是“给钱造房子买设备”，而其中许多其实是不必要的。自主创新真正需要的是软环境的建设，以及对于人的投资，却往往被忽视了。
体制机制创新的四个着力点。在韩忠朝看来，要想解决这些问题，顺利完成“十一五”期间的规划目标，必须在体制和机制上进行一些创新：
一、 营造一个公平竞争的环境。对于科研经费的分配，要给予每个人公平的机会；
二、 注重扶持中青年科技骨干；
三、 建立健全各方面的配套政策，通过政策落实对于创新主体的回报；
四、 建立高等院校、科研院所的科研人才向企业流动的机制，使得企业成为真正的自主创新的主体。
区域协调发展：落实三个新提法
到目前为止，中央提出了一个完整的区域发展的战略体系，十一五《建议》又总结了这些年区域协调发展的经验，在三个方面有了新的提法，提出了区域协调发展的办法、途径。
——中共中央政策研究室副主任、研究员郑新立
市场机制对于区域协调发展具有举足轻重的地位和作用。《建议》提出的第一个重要的战略思想就是提出促进区域协调发展的四个机制，即市场机制、合作机制、互助机制、扶持机制。
郑新立重点剖析了前三个机制对“十一五”发展的重要作用。
他指出，市场机制是最基本的机制，就是通过建立全国统一的市场，改善投资环境，促进生产要素的自由流动，来促进区域协调发展。发展比较后进的地区，可以通过这一机制吸引沿海发达地区的资金和吸引外资。这是加快本地经济发展的一个快捷方式，也是最有效的途径。在这方面搞得比较好的是中部的江西省。该省这几年调整发展思路，改善投资环境，把江西建成长三角、珠三角产业转移的基地。江西全社会固定资产投资的50％～60％，都是外省投资过去的，2003年外省投资700亿元，2004年外省投资突破1000亿元。
郑新立说，他到赣州、到井冈山去，那些地方过去很落后，一个县几乎没有工业；而现在的江西，每个县都有一个很漂亮的工业园区，里面大都有几十个企业，厂房盖得也很漂亮。一问，都是苏南、浙江、广东、福建来投资的。“十五”期间，江西三年工业增加值翻一番，四年财政收入翻一番，五年GDP翻一番。思路一变，经济发展马上就有变化了。江西这几年的发展，主要是靠市场机制，中央政府也没给多少钱，也没有特殊政策，就靠自己改善投资环境，靠吸引外地资金加快本地的发展。这既解决了沿海富余资金的出路，使这些资金找到了新的投资方向，也使沿海地区的企业发展摆脱了缺水、缺电的困境。江西的水、电资源丰富，沿海企业到这里发展，其条件比在当地条件好。《建议》提出要把市场机制作为促进区域发展的一个基础性的手段。江西这几年的发展，已经说明了市场机制对于区域协调发展具有举足轻重的作用。
第二是合作机制，区域之间通过政府推动组织大宗物资的协作。沿海没有煤，就到山西投资搞煤炭，再把生产的煤炭运回来；没地，就到黑龙江和西北去种地。
第三是互助机制，就是发挥社会主义制度优越性，包括对口支持、干部交流、对口扶贫、志愿者行动、献爱心等等。这几年，特别是干部交流，沿海干部到中西部去，中西部干部到沿海任职，这对开拓干部思路起到了很重要的作用。但沿海的干部到中西部以后，工资收入下降了很多，这不合理。这些干部到中西部作了那么大的贡献，个人收入却要蒙受损失，这样的分配政策不好。应改革公务员的收入分配制度，让做出贡献的干部不吃亏。
各省市区应根据本地资源环境承载能力的实际情况划分功能区，保护好生态环境。《建议》提出的第二个重要的战略思想就是根据各个地方资源环境的承载能力，划分为四类不同的功能区。
一是资源环境承载能力已经基本上饱和的地方，产业密度过高的地方，要实行优化开发，劳动密集型产业、资源能源密集型产业要向别的地方转移，实行产业升级，发展技术密集型产品，减轻资源和环境的压力。
二是对环境承载能力比较强的地区，要重点开发，加快发展。
三是对生态比较脆弱，资源环境承载能力比较低的地区要限制开发。
四是对国家规定的生态保护区、自然保护区要禁止开发，像三江源等需要涵养生态的区域要限制开发。
郑新立指出，这是对全国各省市区来要求的，各省市区也可以根据本地的实际情况划分为几个功能区。像北京就划分为四类，城区二环路、三环路以内限制开发，保护古建筑；三环路周围搞CBD、商贸区、行政区；郊区城镇重点搞第二产业；远郊的山区，就禁止开发，山区的农民不让种地了，以涵养生态为主。各个地方都要根据这个要求，确确实实在经济发展的同时，注意保护好生态环境。
环渤海地区城市群的崛起，对支撑今后十年到二十年中国经济的增长会起到重要作用。《建议》在区域发展上提出的另外一个重要的战略思想，就是要通过发展城市群来加快推进城市化。
郑新立指出，这也是改革开放二十多年来的经验总结。实践证明，在一个区域之内，大中小城市配套，产业互补，交通发达，信息发达，科技教育有雄厚的支撑能力，就可以形成城市群的整体竞争力。现在城市群竞争力最强的就是长三角，有人评价，这一城市群在世界城市群的竞争力方面已经排到第六位。其次是珠三角和环渤海。这次又提出在发挥特区和浦东新区作用的同时，加快天津滨海地区建设。要通过引进外资和外地资金，新建一个高技术产业区，形成以北京、天津为中心，以滨海新区为增长极，以大连、青岛为两翼，内外结合，产业密集、具有活力的环渤海城市群。它的崛起和发展壮大，对支撑今后十年到二十年中国经济的增长会起到重要作用。
