三、生理因素
（一)生理始基（analogue)
即心身疾病患者在患病前的生理特点。为什么同样的心理社会刺激，如地震、洪水、战祸、灾荒等波及大量人口的刺激，其中只有少数人得了心身疾病？为什么这些患者的心身疾病又不都是一种病？如有人患溃疡病，有人患高血压，有人却患冠心病，这主要是由患者的生理特点不同所致，因而使他们具有对不同心身疾病有着不同的易患性（vulnerability)。如在溃疡发病过程中，胃蛋白酶的增高起重要作用，由于它消化了胃粘膜而造成溃疡。实际上，患者在病前，其蛋白酶的前体——胃蛋白酶原的水平就已经比一般人高，因此这种胃蛋白酶原的增高即可称之为溃疡病的生理始基。然而有溃疡病生理始基并不一定会有溃疡病，因为人群中有相当多的人具有这一特征，而其中只有一部分溃疡病患者是由于社会心理刺激对他们起着“扳机”（trigger)作用。说明只有生理始基和社会心理刺激同时存在的情况下，才会有溃疡病的产生。
现已发现，高甘油三酯血症是冠心病的生理始基，高尿酸血症是痛风症的生理始基，高蛋白结合碘者则为甲状腺机能亢进的生理始基。对生理始基的研究不仅对了解心身疾病的发病机制有重要意义，而且对这些疾病的预防也提供了极为重要的线索。
（二)中介机制（mediator)
心理-社会因素以各种信息影响大脑皮层的功能，而大脑皮层则通过植物神系统、内分泌系统、神经递质系统和免疫系统这些重要的生理中介机制，影响内环境的平衡，使靶器官产生病变。医学全在线www.med126.com
1．植物神经系统 当植物神经系统的功能发生过于急剧或持久的改变时，即可能造成心、肺、胃、肠、血管、腺体、皮肤、肌肉等器官和组织持久的活动过度或不足，导致品质性病变，这就是心身疾病发病机制的早期假说：心理因素—大脑皮质功能改变—植物神经功能改变—内脏功能障碍—内脏形态学改变。如结肠过敏症等。
2．内分泌系统 内分泌系统在维持内环境稳定方面起着重要作用。在情绪应激下，内分泌系统功能很容易发生变化，焦虑、忧郁等情绪反应都可以用17-羟固醇来判定其程度。可见，心理因素或情绪状态与内分泌功能状态之间的相互影响在心身疾病的发生发展过程中起着重要作用。
3．神经递质系统 在情绪应激时都伴有中枢儿茶酚胺浓度的升高，另一中枢神经递质——5-羟色胺的水平下降。中枢神经递质的改变，可以继发地导致植物神经功能和内分泌腺活动的改变，并可相互影响、相互制约，这些改变在心身疾病的发生发展过程中都起到一定的作用。
4．免疫系统 在社会心理应激情况下，可影响到T细胞的功能，导致免疫功能的紊乱或减退。
