在急性腹泻新生儿以及慢性腹泻的免疫缺陷病人的大便中偶尔能分离到肠道病毒，但这些病毒在胃肠炎中的病因学意义值得怀疑。其治疗是对症性的(见上文细菌性感染中急性感染性胃肠炎)。