传统上，临床决策遵循逻辑学的"假如...那么"规则(例如，假如一位病人有发热和嗜中性白细胞减少，那么就用广谱抗生素)。这些规则近来变得更为明确并已成为指导方针或规则系统。这些指导方针日益为人所知。然而，指导方针只适用于那些处于规则系统明确描述的特定临床情况中的病人。

常常，指导方针是简略的，不能恰当地反映病人中不同人口统计学和共发病率的变异。指导方针有助于许多临床问题的处理，但是临床医生必须始终进行适当的临床判断和对处于规则交界处的互相矛盾的数据作出解释。为了把不确定性和结果价值结合到临床决策中并遵守逻辑的基本决策规则，临床医生必须懂得概率基础。要把决策过程程式化，临床医生必须面对作出决定前的假设和不确定性。虽然临床医师能在简单或普通的情况下作出复杂的决定并且简略地衡量各种选择的利弊，但是他们必须加以考虑的信息量有时会超出他们的认知能力。数学计算能帮助临床决策，即使正确的数字尚不具备，仍能更好地定出临床概率和其间的逻辑关系。