广州医学院第三附属医院前身是广州市第二人民医院，创建于1899年，最早为美国基督教长老会创办的广东女医学堂及所属赠医所，后为柔济医院，是广州地区一所综合性“三级甲等”医院。医院内设有设施一流的广州市妇产科研究所、广州市重症孕产妇救治中心，医院是全国卫生系统先进单位、国家级爱婴医院、全国无烟医院、省百家文明医院和广州市文明医院。2006年5月，广州市第二人民医院变更为广州医学院第三附属医院，同年底成立广州医学院第三临床医院。
医院座落在广州市荔湾区，毗邻风景秀丽的荔湾湖，占地总面积28385m2，医疗业务建筑面积约10万m2。现拥有各级卫生技术人员一千三百余名，其中副高以上职称204人，硕士生导师42人，博士生导师2人，博士硕士225人，享受国务院特殊专家津贴1人。年门诊量达120万人次，编制床位1000张，年收治住院病人逾2.5万人次。
拥有一批先进的医疗设备如核磁共振、螺旋CT机、ECT机、DSACRDR、C臂X光机、全国首台第三代电磁导航系统、彩色心脏腹部B超、实时三维彩色超声仪、子宫内膜微波治疗仪、体外震波碎石机、腹腔镜、小肠镜超声内镜、中央心电监护系统、全自动生化分析仪、现代化静脉配置中心等，总值逾2.3亿元，能充分适应现代临床诊治与医学研究发展的需要。
目前，医院的各专业门类设置较为齐全，设有34个临床科室和12个医技科室，开设专科门诊100多个，专家门诊150多个。产科是国家临床重点专科建设项目；妇产科是广东省卫生厅特色专科，广州市重点学科；新生儿科、临床护理相继成为广东省临床重点专科。
设在院内的广州市妇产科研究所，主要从事重症孕产妇临床救治与围产医学、生殖与遗传、妇科肿瘤及产前诊断等工作。形成重症孕产妇综合救治、人类辅助生殖、妇科肿瘤诊治、妇科腔镜及盆底诊治四大技术特色，已跨入国内先进水平，是经卫生部批准可以开展人类辅助生殖技术的广州最早的两家医院之一。广州市政府实施《中国21世纪议程广州行动方案》优先发展项目──“广州市重症孕产妇救治中心”于1998年成立并设在我院，主要负责广州地区、邻近地区甚至更远城市重症孕产妇的救治工作，为降低广州地区孕产妇死亡率和新生儿死亡率作出了贡献。
法医物证司法鉴定所2004年成立，是经司法部核准具有法医物证鉴定资格，鉴定结果具有法律效力，面向社会提供服务的司法鉴定机构。进行的业务有个体识别、亲子鉴定（包括胎儿)、性别鉴定、种族和种属认定等，使医院成为广州市第一家具有司法物证鉴定资格的医疗机构 。2011年，成为了广州市单一类别鉴定机构中首家获得省司法厅推荐而接受国家级资质认定和认可的鉴定所。
妇产科研究所实验室经历多年的建设，2005年，成功申报广州市生殖与遗传重点实验室。2011年，获批成立广东省产科重大疾病重点实验室，并获得广东省高校生殖与遗传重点实验室。
