上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”)，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。
九院是一所以口腔、整复外科和骨科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。近年来，以“精修医术、诚炼医德、广纳贤才、齐铸九院”的医院精神，以“科教兴院、人才强院”的发展战略，在医、教、研、管理等方面取得了可喜成绩。已连续十届评为上海市文明单位，并获“全国城市医院文化建设先进集体”荣誉称号。
医院占地面积61亩。医院核定床位1000张，口腔综合椅位260张，临床科室33个，医技科室9个。全院职工2200余人，医疗专业技术人员占82%以上，其中副高职称以上专家350余人。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生、口腔颌面外科专家邱蔚六、骨科专家戴尅戎，以及国家973项目首席科学家曹谊林教授和上海市十大科技精英、上海市领军人才、卫生部突出贡献中青年专家张志愿教授。
医院拥有3 个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科)和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容)。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科)现为国家重点学科，口腔基础医学现为国家重点培育学科。2009年教育部学位与研究生学位发展中心公布的2007～2009学科评估高校排名结果，上海交通大学口腔医学以80分与北京大学并列排名全国第二。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部第三期“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科)，口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科)，口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。
医院年门急诊病人193万人次，年出院病人4.1万人次，年施行住院手术1.4万例，门诊手术5.5万例。各学科临床水平不断提高，其中口腔颌面外科、整复外科和骨科在国内外诸多领域达国际领先水平，成为全国知名品牌。近年来，“裸鼠背上长人耳”、“国内首例胸骨裂畸形”小吴菁修复术、“中国第一毛孩”于震环外耳道整形术、 “下颌骨骨化性纤维瘤”欧阳莉菁肿瘤切除植骨修复术等曾轰动全国。
九院是上海交通大学口腔医学院、九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室，建立了国内一流的口腔仿真模头实训基地。获得3项国家级精品课程，1项国家级双语教学示范课程，1个国家级教学团队，硕士生导师234名，博士生导师74名，设有3个博士后流动站，15个博士点、20个硕士点。医院现有1个国家组织工程研发中心，1个教育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所、上海市生物材料研究测试中心和上海交通大学眼科视觉科学觉研究所。上海市科技功臣1人，上海市十大科技精英2人。有国家杰出青年2人，长江学者3人，中组部千人计划1人，上海市委组织部千人计划1人，新世纪百千万工程国家级人选2人、教育部新世纪优秀人才支持计划5人、卫生部突出贡献中青年专家4人，以及上海市启明星（后)计划等市级以上人才培养近100人次。近十年来医院承担纵向科研项目500多项，其中包括其中973首席科学家项目2项，国家自然科学基金170项（重点项目3项)。获国家级奖项3项（国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项)，省部级奖项52项（其中一等奖7项)、上海市卫生系统银蛇奖一等奖1项。近5年，科研总经费约16000多万元，发表论文3000余篇，其中SCI收录论文260余篇。2004年度Medline收录论文数量居全国医疗机构排名第1位。中国科学技术信息研究所公布的2008年度中国科技论文统计结果，我院被SCI收录论文数达90篇，排名全国医疗机构第17位，2010年“表现不俗”SCI论文全国第20位。2009年复旦大学管理研究所中国最佳医院排行榜列全国17位，整形外科全国第1位，口腔科全国第3位。
医院坚持 “以人为本”，从最广大职工利益出发。积极推进医院后勤化改革和劳动人事制度改革；医院重点加大对35岁以下优秀青年的培养力度和考核力度，将启动四期“院优秀人才培养计划”；三期院级重点学科建设项目，重点支持有发展潜力的临床学科。
医院注重精神文明和政风行风建设。医院先后获得全国城市医院“思想政治工作先进集体”、全国城市医院“抗震救灾先进集体”。口腔颌面外科荣获全国总工会授予的“全国五一劳动奖状”、全国首届“工人先锋号”、上海市“工人先锋号”荣誉称号。
世博之年，盛事中华。
2010年九院迎来建院90周年。九院，九十年，历经沧海，峥嵘岁月！九院全院职工高举中国特色社会主义伟大旗帜，全面贯彻党的十七大、十七届三中、四中、五中、六中全会精神，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，学习实践科学发展观，深化医药卫生体制改革，进一步解放思想，求真务实，锐意进取。医院将着力推进公益性办院发展方向，进一步提高医疗服务内涵和服务管理水平，着力推进“科教兴院、人才强院”发展思路，进一步加快医院重点学科和拔尖人才建设，将深入贯彻落实科学发展观，坚定不移地按照党中央、国务院部署要求，在市委、市政府领导下，坚持公共医疗卫生的公益性质，办好“群众放心、人民满意、具有鲜明特色”的现代化医院。
