合肥第二人民医院始建于1950年，前身为中国人民志愿军第十兵站医院，1953年，改名为志愿军2405医院，1954年，改名为521医院，1958年，521医院集体转业来肥，与合肥市卫生局第二门诊部合并，组建合肥市第二人民医院。1959年，医院改名为“合肥市工人医院”，开放床位150张。1962年，恢复“合肥市第二人民医院”院名。1970年，在“文化大革命”中，一度更名“合肥市工农兵医院”。1978年，再次恢复“合肥市第二人民医院”院名。1987年，兴建门诊大楼，病床增至450张。1999年，兴建病房大楼，编制床位增至550张。2004起，在新一届领导班子的带领下，医院力改医院占地面积小的瓶颈，积极挖潜改造，医院建设和发展迈上新台阶。2005年，开放床位增至671张，2007年，急救医学中心开业，实际开放床位也增加至800张。2011年，合肥市第二人民医院新区正式开诊。同时，医院成建制整合托管了六年的合肥市第八人民医院。至此，医院总占地面积达200亩，由新区（广德路院区)、和平路院区（原医院本部)、长江东路急救医学中心三个院区组成，下辖长淮街道社区卫生服务中心、大通路街道社区卫生服务中心，和平路社区卫生服务中心（原市八院)和长淮街道红星社区卫生服务站，成为合肥市东区医疗、教学、科研、预防保健、康复和急救的重要基地。现有职工2000人，专业技术人员1650人，开放床位1600张。
目前，医院已成为国家卫生部三级甲等综合性医院和国家爱婴医院、安徽医科大学附属合肥医院、安徽医科大学第四临床学院、山东大学医学院研究生合肥社会实践基地，先后荣获“全国百姓放心示范医院”，“安徽省文明单位”、省级“诚信医院”、“合肥市诚信医院”、“安徽省卫生系统十佳单位”、“合肥市文明单位”、“全国医院文化建设先进单位”、“合肥市先进基层党组织”等荣誉称号。
六十多年来，二院人踏踏实实干事业，认认真真谋发展，步履铿锵，落地有声，走出了一串串闪光的脚印，创造出一个个骄人的业绩，在合肥市的卫生发展史上谱写了一幅幅动人篇章。
重视学科建设。三个院区共设有临床科室和诊疗中心63个，医技科室30个。拥有安徽省临床医学重点发展学科（血管外科)、安徽省临床医学特色专科（医学影像中心)、合肥市重点学科（血管外科、医学影像中心、神经内科、内分泌科)、合肥市重点扶持学科（心血管内科、麻醉科)、合肥市特色专科（骨科)。设有临床研究室6个（心脏起搏研究室、血管外科研究室、临床药学研究室、髋关节疾病研究室、脑血管病研究室、医学影像研究室)，临床实验室4个（临床中心实验室、骨科临床实验室、神经内科临床实验室、耳鼻咽喉科临床实验室)。
实施“科技兴院”战略。2005年至今，共获得省、市科技进步奖20项。获省、市重点立项科研课题51项，发表论文千余篇，主编、参编《心电图P波形态诊断学》、《CT诊断与临床》等多部医学专著，其中由医院专家主编的《脑、脊髓和脊柱磁共振诊断图谱》和《心电图专题解读》被《健康报》作为医疗界重点推介书目进行推广。
重视人才培养。为每一位职工创造良好的职业平台，定期选送各级各类人员赴国内知名医院进修学习，选送优秀业务骨干赴德交流学习，鼓励在职医护人员参加在职研究生教育，邀请国内外知名专家来我院开展学术讲座。强化24小时住院总制度。启用科学合理、富有创新的绩效考核机制，促使多劳多得，优劳优得，激发职工工作热情。实施职称评聘分开，低职高聘、竞争上岗等改革措施，促进优秀人才脱颖而出。医院拥有11个研究生学位授权点（社会医学与卫生事业管理、医学影像中心、血管外科、神经内科、心血管内科、消化内科、骨科、妇产科、耳鼻咽喉科、康复医学科、麻醉科)，硕士生导师10多人，高校兼职教授、副教授49人，引进和培养研究生260多人。
拥有国内外一流的医疗设备，包括大型C臂DSA系统、开放式全身核磁共振系统、德国西门子3.0、1.5T核磁共振仪、多排螺旋ＣＴ、新型高压氧舱、大型Ｘ线机、高能超声聚焦刀、腹腔镜、血液透析机、全自动生化分析仪、彩超、超声乳化仪、电子胃镜、十二指肠镜等，很好地满足了广大群众的医疗需求。
