医院创建于1958年。一直承担着国防、航天系统职工医疗保健任务，建院之初就立志于为祖国的国防和航天事业的发展提供优质的保障服务。1983年面向社会开放，全面为广大社会大众提供服务，实现了由仅服务于国防军工和航天系统的职工医院向服务于社会大众的地方区域性医院的转变。2004年成为北京大学临床医学院，实现了从一般区域性医院到提供高等医学教育的临床医学院的转变。几十年来，医院始终坚持“立足航天，面向社会”的定位，不仅为两弹元勋、国防航天科研人员的医疗健康保障做出了突出贡献，还为北京市医疗卫生事业和国家高等医学教育事业做出了积极贡献。
医院建筑面积6.4万平方米，现开放床位900张，职工1780人，其中高级专业技术人员200余名，拥有38个专业科室。医院拥有一流的医疗设备和良好的基础设施。
医院在创建一流的北京大学临床医学院的愿景引领下，确定了“发展综合医院、创建特色医院、打造数字医院、构筑文化医院”的发展方针，以卓越服务为先导，大力实施科教兴院、人才强院战略，经过50多年的顽强拼搏和不懈努力，医院的综合实力显著增强，在行业中的地位显著提升。
医院学科齐全、技术力量雄厚。形成了以介入技术、微创技术和再生医学为主的专业特色。心血管内科和内分泌专业达到国内先进水平，神经内科、神经外科、肝胆胃肠微创外科、老年医学、胸外科、血液科、呼吸内科、妇产科、超声科、口腔科等学科达到北京市先进水平。医院其他学科协调发展，各具特色，均具有相当实力。
医院始终将医疗质量与安全放在首位。瞄准医疗行业一流的医疗质量管理水平，培育医疗质量文化，以患者满意为导向，构建高效的医疗质量管理体系，促进医疗质量内涵和管理水平不断提升。2011年因此荣获第十七届全国企业管理现代化创新成果二等奖。
医院不断深化服务内涵，提升服务品质。秉承“服务永恒·追求卓越”的理念，“张佩珊”服务品牌以人性化服务特色脱颖而出，成为医院服务的一面旗帜，有力地带动了全院医疗服务水平的全面提高，赢得了患者和社会的广泛赞誉。张佩珊护理组先后获中央国家机关“青年文明号”、全国总工会“女职工建功立业标兵岗”和全国妇联“巾帼文明岗”等称号。
医院科研教育成绩斐然。在科研方面承担着国家“十五”、“十一五”攻关项目、国家自然科学基金、国防基础科研项目、北京市科委项目等省部级以上课题，获得省部级以上科研成果奖10余项。作为北京大学临床医学院，医院是培养高层次医学人才的临床教学基地，承担着北医统招研究生、五年制本科生的全程教育任务。医院是北京市继续教育基地、北京市全科医师培训基地。医院已成为集大中专生、本科生、研究生及各级继续医学教育、具有较高教学水平的医学人才教育教学基地。
医院文化建设成效显著。“服务永恒·追求卓越”的理念深入人心，人人践行，全员职工以患者为中心，以良好的精神风貌提供优质服务。同时医院坚持以人为本，努力提高职工满意度和幸福感，已建成省部级模范职工之家，正在全力创建全国模范职工之家。医院形成了和谐的医患关系和内部氛围。
医院赢得了广泛肯定和赞誉。2012年荣获全国百姓放心百佳示范医院、全国军民共建精神文明先进单位和首都文明单位标兵称号，此前连续8年获得首都文明单位称号，并获得中央国家机关文明单位标兵等多项荣誉。2006年在北京地区患者满意度调查中，名列第一，是北京市公众认可的十家医院之一。
50多年来，航天中心医院以执着的追求铸就了辉煌的历史，今天正朝着创建一流的北京大学临床医学院的愿景而努力奋斗。
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