以经济管理为核心的管理信息系统已基本建成，门急诊挂号(包括电话预约挂号)、门急诊划价收费、住院结算、财务核算、医嘱录入、药房药库管理医学全在线搜集整,理www.med126.com、物资供应管理等均已实现计算机化。病案管理也已启用，历史病案的数字化存储正在进行当中。我院作为北京市卫生局的试点，还率先建立了实名就诊卡发卡和门诊账户系统，为患者就医提供了方便。现累计发卡10万人次，居北京市各医院之首。
以医疗为核心的临床信息系统则在积极建设之中。除最早完成的检验系统之外，超声和内窥镜影像的计算机化管理也已实现。目前，正以放射科影像为基础的PACS正在酝酿之中，以进一步支持临床医疗工作。此外，医学情报检索系统、教学管理平台、以网站为门户的办公系统的应用不仅规范了管理、提高了效率，也促进了临床和科研工作的发展。
科研工作是医院长久发展的动力，也是我院工作的重点之一。根据2005年12月中国科学技术信息研究所发布的信息：我院2004年SCI文章发表数(37篇)在全国医疗机构中排名从2003年的第20位升至第8位，MEDLINE文章发表数排名第13位。目前,我院在中华医学会二级分会以上兼职:主任委员、副主任委员、常委、学组正副组长48人次，涉及19个学科;青年委员11人次，涉及9个学科;“中华”级统计源期刊主编、副主编10人次，涉及7个学科。
在教学工作方面，2002年始实行本科生、研究生、进修医、住院医培养“四轨合一”，进行教育资源的合理整合。同时强化职工全员培训，规定强制性课程，纳入年终考核。全院大教育的模式出露端倪。
1998年韩启德获何梁何利基金科学与技术进步奖;王宪获杰出青年学者奖;1999年王宪获中华医学基金优秀青年奖;2000年曲绵域获何梁何利基金科学与技术进步奖，张惠蓉获中华眼科金钥匙奖,李凤鸣获中华眼科金苹果奖。
北医三院1988年被卫生部批准为首批三级甲等医院;1990年在第11届亚运会医疗服务工作中作出突出贡献，受到卫生部、北京市政府嘉奖;1994年在公费医疗管理改革工作中取得巨大成绩，受到北京市卫生局、北京市财政局奖励;荣获2003年度北京市“教育创新”先进单位;2004年被评为“首都公共卫生文明单位”和“首都文明单位”。
2001年7月眼科中心楼竣工并投入使用，2005年10月外科病房楼投入使用。
2008年奥运会将在北京举行，北医三院作为奥运会指定医院，必将以一个良好的形象展示在世界人民面前。
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