南京医科大学口腔医学院溯源于1974年设立的江苏新医学院医学系口腔专业,1979年9月成立南京医学院口腔系，1997年成为南京医科大学口腔医学院。1985年成立南京医科大学附属口腔医院， 1998年增名江苏省口腔医院，实行口腔医学院、南京医科大学附属口腔医院、江苏省口腔医院、江苏省红十字口腔医院四位一体的管理体制，作为江苏省唯一的三级甲等口腔专科医院，是江苏省口腔医疗、教学、科研、预防和培训中心。
　　学院位于风景秀丽的五台山南麓，占地面积4500平方，诊疗大楼主体建筑高15层，建筑面积近1.5万平方米，全院员工300余人，其中正、副教授，正、副主任医师50余人。拥有口腔临床医学博士学位、口腔临床医学、基础医学两个硕士学位和口腔临床医学专业学位授予权，设有5个教研室、4个为省级重点课程及11个实验室。学院设有研究生教育、本科教育、继续教育等多个层次。
学院承担国家自然科学基金、卫生部、江苏省科技厅、卫生厅、教育厅等下达的多项科研任务，近年来有30余项科研成果获得省厅级以上奖项，每年发表科研论文百余篇。学院主办出版《口腔医学》和《中国医学口腔文摘》杂志，是中国科技核心期刊，对国内外公开发行。
　　全院拥有美、德、意等国的口腔综合治疗椅180张，病床51张。设有一级口腔临床专科9个，二级临床专科6个，医技科室6个；另在院外设有第一、二门诊部和义齿研发制作中心。其中口腔内科、口腔修复科、口腔正畸科为江苏省临床重点专科。年门诊量达20余万余人次。同时，作为江苏省牙病防治指导组组长单位，我院承担着指导全省医疗机构开展牙病防治任务。
　　学院重视发展国际间的交流与合作，先后与美国、德国、荷兰、俄罗斯、加拿大、韩国等国家和地区建立了学术交流关系，向德、美、香港等国家和地区派出访问学者和研修人员，同时接受东南亚和台湾等地研究生、留学生、进修生来院进修学习。举办国际口腔医学学术会议，签订多项国际合作项目。
　“敬人敬业、至精至诚”，口腔医学院将在南京医科大学建设高水平、有特色、多科性研究教学型大学的旗帜下，以服务病人为中心，以科学管理为保障，以一流人才为动力，为把我院建设成国际知名、国内一流的口腔医学院和现代化医院而努力奋斗。