协和医科大学成立于1917年，前身是由英美两国教会五团体暨伦敦医学会于1906年创办的"协和医学堂"。1915年由美国洛氏基金会所属的中华医学基金会投资扩建，定名为"北京协和医学院"，1916年学校在纽约州立大学正式立案。1929年国民政府教育部将其校名改为"私立北平协和医学院"。1951年由中央人民政府接管，定名为"中国协和医学院"。1952年划归军委建制，学校向干部进修学院过渡，1957年国务院决定将中国协和医学院和中国医学科学院合并，1959年国务院批准由中国医学科学院筹建成立学制八年的医科大学，定名为"中国医科大学"。 "文革"中学校停办，1979年复校，改由卫生部和教育部双重领导，更名为"中国首都医科大学"。1985年复称"中国协和医科大学"。
　　 中国医学科学院成立于1956年， 前身是中央卫生研究员，1957年中国协和医学院与之合并，名称仍为中国医学科学院 。1959年经国务院批准筹建中国医科大学（后改为中国协和医科大学)后，中国医学科学院和中国协和医科大学成为院校合一的单位，院校实行两块牌子，一套机构的管理体制，院校党的领导关系在北京市委，业务上由卫生部和教育部双重领导。