北京中医药大学中药学院（原中药系)始建于1960年，是我国最早创建的中药高等教育院系之一。1985年成立了中药研究所，现实行院所合一的管理体制。
  
    经过多年的建设，中药学院已形成专科、本科、硕士、博士多层次的教学体系, 现有中药学、制药工程两个专业。中药学专业设有中药学、中医学（七年制)中药方向、中药分析方向。制药工程专业设有中药制药方向、生物制药方向。中药学院是中药学一级学科博士学位授予点和中医药院校中最早设立中药学博士后科研流动站的单位，并被评为全国优秀博士后科研流动站，为国家培养各类中药人才2500余名。在全国中医药院校中，中药学学科是国家级重点学科，也是国家“211”工程重点建设项目。中药生药学、中药药理学、临床中药学3个学科为国家中医药管理局重点学科。中药学院已形成了以名誉所长颜正华、李家实教授等知名学者为核心、中青年骨干教师为主体、结构合理的学术梯队。肖培根院士为中药学院名誉院长。中药学院现有教授29名、副教授31名、博士生导师12名；中青年专家中具有博士学位的31名、留学回国人员18 名；已接受15名博士后进站，近十年来，出版学术著作35部，主编统编教材5部。同国外10余所大学建立了广泛的学术交流与合作。具有符合GMP标准的中药制剂中试车间， 现拥有国家中医药管理局三级科研实验室2个，北京市“中药基础与新药研究重点实验室” 1个，教育部“中药制药关键技术工程研究中心”，教育部“高等学校中医药现代化网上合作研究中心”。
  
    近年来，中药学院主持和承担了包括“973”“863”“攻关”国家自然基金等各级各类课题130余项， 获国家和省部级科技进步奖11项，已受理的专利申请10余项，获国家发明专利6项，科技成果转让14项。曹春林教授主持研制的中医临床急症用药“清开灵”，已产生了巨大的经济效益和社会效益，对中药剂型 的改革和中药产业化起到了重要促进与辐射作用。  
    近几年中药学院已投入近1200万元，进行硬件建设，形成了从中药药效物质基础分离、分析、结构鉴定、 药效实验到制剂制备以及生物制药等完整的教学、科研体系。目前实验室面积已达到近万平米，实验室中包括中药生药学、中药药理学、中药制药学、中药化学、临床中药学、生物制药学教学与科研的各种大型贵重精密仪器 1300余台（件)。各种图书资料、信息资源、仪器设备等均实现了共享。中药学院拥有迄今全国中医药院校中规模最大的中药标本馆，已设有8000余种动植物药(包括原植物蜡叶标本、药材饮片等)标本和中成药样品。  
    中药学院通过对中药品种和质量研究， 实现中药品种和质量科学评价关键技术的整合，为中药质量标准化、规范化提供技术平台；以中药基因鉴定方法为龙头，构建中药生物鉴定新的评价体系， 揭示中药材质量与生态环境的关系，为中药GAP制定提供科学支撑。开展中药数字化和信息学研究，为现代中药理论构建奠定基础；加强中药药效物质基 础及药效评价方法学研究，广泛应用新技术、新材料、新方法提升中药制剂水平，进一步完善GLP、GCP、GAP和GMP的建设，逐步将中药学院建成中药 高级人才培养、中药现代化关键技术创新的基地。使其成为国内一流、国际有影响的知识创新，技术创新和成果转化的中心，为中药现代化和产业化以及 健康产业的发展提供人才和技术支撑。