新疆医科大学药学院的前身是创建于1978年的新疆医学院药学系。1998年，为加快新疆医学高等教育事业的发展，适应教育改革的需要，原新疆医学院与原新疆中医学院合并建立新疆医科大学，同年药学系更名为药学院，它的成立标志了新疆高等药学教育进入新的发展阶段，是新疆药学发展史上的重要里程碑。
　　药学院下设五个教研室，是药化/有机教研室、药剂/物化教研室、药分/分析/无机教研室、天药/生药教研室和药理教研室。承担了本专科药学专业的药理学、药剂学、药物分析、天然药物化学、药物化学、有机化学、物理化学、药用植物学、分析化学、无机化学、生药学、药事管理、新药设计与研究（选修)、毒物分析（选修)、波谱学（选修)、药学英语（选修)等课程的教学和实验指导任务;此外，还为研究生班开设了近代仪器分析、新剂型研究与评价、生物药剂学、波谱学、分子药理学、心血管药理学、免疫药理学、神经药理学、日本语等课程；为基础医学院、预防医学院及中医学院开设了基础药理学、临床药理学、卫生化学、中药药理学等课程；近年来还为留学生班讲授无机化学和有机化学等课程。
一、办学指导思想

坚持社会主义办学方向，全面贯彻国家的教育方针，始终把培养德、智、体等方面全面发展的社会主义事业的建设者和接班人作为学院的根本任务；坚持“团结奉献、求实创新”的优良院风；坚持教学与科研相互促进、协同发展，努力提高学院的教育质量、科研水平和办学实力；坚持不断深化教育教学改革，全面推进素质教育，培养“宽口径，厚基础，实践能力强，综合素质高”，适应社会发展需要，具有创新精神的高层次人才；坚持立足新疆，服务全国，辐射周边。走学、研、产发展之路，促进科技成果转化，将药学院建设为国内先进、西北一流水平，并在周边国家具有较大影响的学院。医学全在线 www.med126.com
二、发展规划
学院到2010年的教育发展目标是：坚持以本科教育为主，大力发展研究生教育，稳步发展职业、成人教育和继续教育，走学、研、产发展道路。以本科教学评估为契机，全面实现学院的发展规划，建立健全各项制度和措施，努力把我院建设成为同类院校中居于国内先进、西北一流水平，并在周边国家具有较大影响的研究教学型药学院。这一总目标的基本内涵和主要标志是：具有先进的教育思想和观念，具有总体水平较高的教师队伍和管理干部队伍，有一批国内有影响的专家学者；能够吸纳优秀生源，提供一流的育人环境，为国家和地方造就有竞争力的高层次、高素质、创造性人才；在学科前沿领域能取得突破的研究成果，能够承担国家重大的基础和应用研究项目，解决国民经济建设和社会发展中的重大问题。
三、规划实施效果
由于定位准确，规划有效实施，措施得力，学院的各项事业取得了突破性进展。
1.学生规模稳定增长体现了学院“规模、结构、质量、效益”协调发展的指导思想。
2.教学改革效果明显。“十五”以来，学校每年设立专项经费，支持教改项目，学院也设立了经费支持教改项目，共支持3项校内教改项目，4项院内教改项目，1项自治区级教改项目。2003年获新疆医科大学优秀教学成果个人一等奖，优秀教学成果集体鼓励奖。
3.专业、学科、课程建设水平显著提升。学院以药学本科专业为主，2004年新开设了两个新的专业研究方向。“十五”以来，我院学科建设取得了一定成就，增加自治区重点学科一个，博士学位授权点从无到有，硕士学位授权点增加到6个，2003年药学博士后科研流动站挂牌成立。学院建成了3门校级重点课程，5门校级优秀课程，1门新疆维吾尔自治区精品课程。近三年来共出版校内教材16部。
4.科研实力与水平上新台阶。近年来，学院科研经费持续增长。承担着国家自然基金、国家863预研、国家科委资助西部开发专项、教育部基金、卫生部基金、自治区科技厅、自治区教育厅等纵向科研任务。
5.师资队伍水平进一步提升。“十五”以来，通过引进、培养和调整，师资队伍建设取得了明显进展，教师职务结构进一步优化，高学历教师比例有了较大提高，硕士、博士比例达60.9%。各类教师年龄结构趋于合理，一批在疆内颇有影响的学术带头人和中青年教师逐渐成长起来，初步形成了一支以博士生导师为中坚，中青年学科带头人和优秀青年骨干教师为主体，老中青结构合理的高效精干的教师队伍。学院现在职、在岗教职工中有：国务院特贴专家4人，国家百千万人才2人，五四青年奖章获得者2人，教授12人，副教授32人。