基础医学院是学院主要的教学、科研部门，承担全院的医学基础课教学、科研以及低年级学生管理工作。学院拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍。现有教职工213人，其中教授、副教授和高级实验师77人，讲师、实验师74人，有硕士、博士学位者54人，在读硕士、博士研究生21人，国外学成归校专家6人，继续留学3人；其中，四川省学术技术带头人一人，四川省学术技术带头人后备人选一人，四川省杰出青年学科带头人后备人选一人。为培养“适应21世纪发展需要，具有厚基础、宽口径、能力强、高素质的医学各类高级人才”，学院坚持健全体制、苦练内功，不断加大教改和科研力度，以教学为中心，教学科研并重。2000年以来，在省教育厅课题资助下，大胆进行课程体系改革，成功探索实验教学新机制，打破传统医学教学学科设置条块分割，小而全的格局，将相关学科的实验室组艰危五大实验中心。以实验教学中心为依托，重新进行教育资源配置，开展理论和实验教学内容、教学方法手段的改革。完全现代化的实验教学中心不仅顺应了现代化医学教育的需要，而且促进教材建设和课程建设上新台阶，我院已主编及参编教材30余部，其中三部教材获得校级“优秀教材”奖，建设省级重点课程6门，校级重点课程2门；省级精品课程2门，校级精品课程2门。多年来，基础学院注重大力发展科研，已完成省厅以上研究课题近30项，获省级科研成果及教学成果三等以上奖项13项（其中一等奖二项)；在国际国内期刊发表论文500余篇，在研国家自然科学基金项目、教育部、卫生部及省厅级科研课题30余项。1993年始，我院微生物免疫学、组织胚胎学、药理学教研室、物理学教研室分别与四川大学、重庆医科大学、第三军医大学、成都中医药大学、西华师范大学联合招收培养硕士研究生，今年基础医学院有2门学科获得硕士学位授权点。目前，学院正抓住西部大开发和高等教育大发展的历史机遇，以1997年国家教委本科合格评估取得的成绩为基础，以2007年国家教委本科水平评估为目标，进一步深化改革，加强各项制度建设，壮大师资队伍，全面提升教学、科研水平和教育教学质量，努力创建走向全国、走向世界的新型基础医学院.