基础医学院是南京中医药大学最大的一个教学科研机构，由中医基础学科、现代医学基础学科及部分公共基础学科组成。全院共设10个教学科研单位，其中包括正常人体形态与功能学系(正常人体解剖与组织胚胎学教研室、生理学教研室)、人体疾病学与预防医学系（病理学教研室、病原与免疫学教研室、医学统计与预防医学教研室)、生物与生化学系（生物学教研室、生物化学教研室)、中医基础学系（中医基础理论与内经教研室、中医诊断学教研室)、中医方药学系（中药学教研室、方剂学教研室)、中医临床基础学系（温病学教研室、伤寒与金匮要略教研室)、中医医史文献学系（医古文教研室、中医医学史与各家学说教研室)、数理学系（数学教研室、物理教研室)8个学系（17个教研室)，1个教学实验中心和1个中医药文献研究所。另外，还设有医史博物馆和南京中医药大学门诊部。医学全.在.线网站www.med126.com
    学院目前在职教职员工139人，其中教授21人，副教授36人；正研究员4人，副研究员5人，副主任医师1人；博士生导师15人，硕士生导师32人；享受国务院特殊津贴者有3人，江苏省名中医专家4人，国家教学名师1人。在一大批建树颇丰的中医名家的带领下，一批中青年骨干教师也正在茁壮成长，有的已经在学术界崭露头角，脱颖而出，其中有省级中青年专家1人，省“青蓝工程”1人，省“333工程”第二层次培养对象1人，中青年教师具有博士学位的27人、硕士学位的53人，占全院教师总数的70.18%。
    基础医学院是“国家理科科学研究和人才培养基地”（试办)，拥有国家教育部重点学科1个——中医医史文献学科；国家中医药管理局局级重点学科建设单位3个——中医医史文献学科、中医临床基础学科、方剂学学科；江苏省政府重点学科1个——中医临床基础学科。教学实验中心为江苏省高等学校基础课实验教学示范中心建设点（中西医基础教学实验中心)。有博士点、硕士点各7个—中医基础理论、中医医诊断学、方剂学、中药学、中医临床基础学科、中医医史文献、中西医结合基础；硕、博士点涵盖了学院所有的中医基础学科和现代医学基础学科。在课程与教材建设方面，学院有国家精品课程1门，江苏省一类优秀课程2门，二类优秀课程5门；国家推选研究生使用教材1门，主编《中医基础理论》、《方剂学》、《温病学》、《病理学》等中医院校统编教材、规划教材。学院主办江苏省品牌专业——中医学专业,包括中医学（中西医结合)、中医学（临床医学)、中医学（国家理科基地班)、中医学（医学生物技术)等12个专业方向，目前在院本科生2050人，博、硕士生220人。
    学院在精心组织教学的同时，以重点学科为龙头，结合各自的专业，充分发挥自身的特点和优势，积极组织广大教师申报各级各类的有关科研课题，潜心进行科学研究。目前在研科研课题53项，其中，国家科技部重大基础研究前期课题1项，国家自然科学基金课题4项，单项经费达到50万元。继《中医方剂大辞典》、《中华本草》出版后，又一部跨世纪大型中医药学著作——新世纪版《中药大辞典》已正式开编。
    2002年以来学院曾先后获得南京中医药大学精神文明单位、学院党总支获得江苏省先进基层党组织、院分工会获得江苏省总工会优秀职工之家等称号。
    在“十一五”规划期间，基础医学院全体师生，正以高度的历史责任感和紧迫感，以饱满的工作热情，奋力拼搏，开拓创新，为使学院各项工作更上一个新台阶而努力奋斗。