医学院是国务院批准的首批具有博士、硕士学位授予权单位，现有博士点31个（覆盖15个二级学科)，硕士点47个（覆盖29个二级学科)，已有20多年培养科学学位研究生的历史。自1999年起，增加培养临床医学硕士专业学位研究生（MM)、临床医学博士专业学位研究生（MD)；2000年起增加培养口腔医学硕士专业学位研究生（SMM)，同时培养公共管理硕士专业学位研究生（MPA)；2001年12月，成为全国首批公共卫生硕士专业学位（MPH)试点单位之一。2004年起试行非医学专业学士二次招收医学生，培养MD+PhD医学双博士学位学生。
　　 到2003年12月，全院在岗的研究生导师420名，其中博士研究生导师108名，硕士研究生导师312名。

四校合并以来研究生规模发展情况 医学全在线网站www.med126.com
年份	研究生总招生数	毕业研究生人数	授予博士、硕士学位人数
1998年	159	83	16+97=113
1999年	244	68	27+126=153
2000年	311	96	24+105=129
2001年	374	112	30+179=209
2002年	395	287	62+299=361
2003年	435	230	60+344=404
2004年	459	373	116+374=490
2005年	478	359	121+409=530
2006年	469	547	119+572=691

　　临床医学博士后流动站覆盖临床医学所有学科，进站工作人数持续增加，目前在站工作15名，已出站4人。
　　 在职人员申请学位工作在保证质量的前提下稳步发展。有100多人获得硕士学位，5人获得博士学位。
　　 学院已有11篇博士学位论文被评为校级优秀博士学位论文，在2002年全国优秀博士学位论文评选中，我院的王青青博士在余海教授、曹雪涛教授的指导下，首次被评为“全国百篇优秀博士学位论文”作者。