博士生导师（4名)

儿科医学研究所（3名)陈荣华(儿肾)、郭锡熔（儿保)、李晓南（儿保)
附属脑科医院（1名)张颖冬（神经)
 

科研型硕士生导师（33名)

附属脑科医院（19名)
狄晴（神经)、刘宏毅（神经外科)、过燕平（神经)、肖红（神经药理)、王小姗（神经)、石静萍（神经内科)、赵薛旭（神经)、陈一心（儿童精神)、姚志剑（精神)、谢世平（精神)、喻东山（精神)、王伟勇（精神)、蒋晓军（精神)、候刚（精神)、陈图农（应用心理)、柯晓燕（儿童心理)、欧红霞（应用心理)、张宁（应用心理)、张岩松（脑外科)

附属南京儿童医院（12名)
黄松明（儿肾)、张爱华（儿肾)、鲍华英（儿肾)、刘倩琦（内分泌)、贲晓明（新生儿)、周晓玉（新生儿)、楼跃（骨科)、赵德育（呼吸)、王大为（小儿心血管)、莫绪明（小儿心胸外科)、王凤鸣（心脏)、李晓南（儿保)
附属南京妇幼保健院（2名)童梅玲（儿保)、郭锡熔（儿保)

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临床型硕士生导师（14名)

附属脑科医院（1名)孙静（精神)

附属南京儿童医院（7名)
方拥军（血液科)、沈卫民（烧伤整形外科)、顾海涛（心脏外科)、于毅（急诊)、钱小青（风湿免疫)、张儒舫（心脏外科)、徐小群（新生儿外科)

附属南京妇幼保健院（6名)
许争峰（遗传)、刘晓梅（妇产)、沈嵘（妇产)、沈宇飞（妇产)、沈晓凤（妇产)、韩树萍（妇产)

截止2007年统计