北京协和医学院与清华大学是合作，而非合并。
北京协和医学院与清华大学合作，而非与清华大学医学院合作。
清华大学医学部是北京协和医学院和清华大学合作的产物，主要是8年制临床专业。

目前清华大学医学院在清华校内，协和还在协和原址。

清华大学医学院本科专业是生物医学工程，生物医学工程专业及学科要求学生深入掌握电子技术、计算机技术、信息处理理论等基础理论和实验技术，解决生物医学工程领域中的科学研究、医疗仪器研制、产品开发及维修管理等问题，同时也能胜任其他领域中的电子技术及计算机技术工作。

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而北京协和医学院是临床医学专业，致力于培养具备人文社会科学、自然科学、基础医学及临床医学等相关基础理论知识，既掌握临床技能又具备科学研究能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学及管理的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和医学高级管理人才。

而且协和是8年制的，读完直接拿到医学博士。前两年在清华校内念书，然后在协和学医。