河南中医学院基础医学院前身为中医系，始建于1958年，2002年7月更名为基础医学院。基础医学院是河南中医学院最大的教学单位，承担学校各专业、各层次中、西医基础课等79门课程的理论教学和33门课程的实验教学任务。
基础医学院现有教职工166人，其中专任教师122人，教授22人，副教授35人，高级实验师7人；博士47人，其中博士后5人；博士生导师5人，硕士生导师57人；享受国务院政府特殊津贴专家1人，省管优秀专家2人，省级特聘教授2人，校级特聘教授1人，河南省和教育厅学术技术带头人10人，校级教学名师4人，省、校中青年骨干教师7人。近年基础医学院加大了师资队伍培养力度，逐步建立起结构合理、稳定发展、思想素质好、业务水平高、发展有后劲的学科队伍。现有学科14个，省、市、校级科研创新团队6个，省、校级优秀教学团队10个，省级实验教学示范中心（包括5个教学实验室)1 个，院级科研实验中心1 个。
规范教学管理强化质量监控建设精品课程
规范教学管理，深化教学改革，注重质量监控，开展各种教学研究活动，不断提高教育教学水平。积极进行精品课程建设，目前有中医基础理论、伤寒论、中医诊断学、病理学、医学实验基本操作技能、方剂学6门省级精品课程；生理学、病理生理学、医古文医学全在线网站www.med126.com、中国医学史、病理学、生物化学、组织学与胚胎学、内经选读、医学机能实验、医学寄生虫学、西医理论基础、医学生物学、金匮要略、中医各家学说14门校级精品课程。
凝炼学术方向搭建科研平台提高科研水平
加强重点学科内涵建设，目前国家中医药管理局重点学科2个，省级重点学科6个，校级及培育重点学科5个，形成了国家局级、省级、校级三个层次、全面发展的新格局。重点学科不断凝练研究方向，形成了中医基础理论与分子生物学结合研究、名医学术思想和经验传承研究、仲景学说系统性研究、情志相关疾病的中西医结合基础研究和经方配伍及临床应用研究5个优势学术方向。
基础医学院科研实验中心包括中西医基础实验室、认知科学实验室、生物反馈实验室、动物行为观察室、中医证候与诊法实验室、细胞培养室、文献研究室、通用仪器室等，可以开展分子生物学、认知科学、动物行为学、中医文献学和数理统计分析研究。2009年以来，基础医学院教师主持国家、省、部委、厅局级科研课题93项，获得纵向科研经费803.5万元；出版专著112部；发表科技论文594篇，其中被SCI检索收录15篇，ISSCI收录1篇，中文核心期刊237篇；获省部级成果奖7项，厅局级成果奖27项；获得专利12项。
着力人才培养厚基础宽口径力求全面发展
以人才培养为中心，“厚基础、宽口径、强实力、增才干，全面发展”，着力创新精神的培育，引导、服务、教育、管理学生。现有预防医学（营养与食品卫生方向)、中西医临床医学（全科医师方向)、中医学（仲景学术传承班)3个本科专业和中医基础理论、方剂学、中医临床基础、中医医史文献、中医诊断学、中西医结合基础、病理与病生、解剖与组织胚胎学、病原微生物、免疫学、医事管理11个硕士学位点。近年来本科生和硕士研究生获得国家、省、市、校级诸多集体和个人荣誉，毕业生得到用人单位一致好评。
