包头医学院基础学院原名包头医学院基础医学部，是1958年随着包头医学院成立而组建的教学部门之一。2003年12月随包头医学院合并到内蒙古科技大学，2005年三校分家后，恢复基础医学部的名称。2009年9月正式更名为基础学院。
现任领导
潘桂兰：基础学院党总支书记兼副院长，生理学教授，硕士研究生导师，中国生理学会理事，内蒙古自治区教学名师，内蒙古自治区优秀教师，内蒙古自治区中青年学术技术带头人，内蒙古自治区优质精品课程负责人，包头市专业技术拔尖人才，生理学教研室主任。
韩丽莎：基础学院院长， 病理生理学教授，硕士研究生导师，自治区病理生理学会常务理事，内蒙古自治区教学名师，内蒙古自治区中青年学术技术带头人医学全在线www.med126.com， 内蒙古自治区精品课程负责人，病理生理学教研室主任 ，包头医学院磁生物研究室主任。
杨占君：法医学系主任兼基础学院副院长，协和医科大学博士研究生，硕士研究生导师，内蒙古自治区“321人才工程”二层次人选，包头市青年学术技术带头人，内蒙古自治区解剖学会理事，包头医学院法医学系法医鉴定中心主任。
苏 燕：基础学院副院长， 协和医科大学博士研究生，硕士研究生导师，生物化学与分子生物学教研室主任。
侯文杰：基础学院副院长，高级经济师。
机构组成
现设有党政、教学科研管理和学生管理三个办公室；2个一级学科，11个二级学科；10个基础医学教研室（人体解剖学、组织胚胎学、医学生物与细胞生物学、生物化学与分子生物学、生理学、病理学、病原生物学、药理学、病理生理学)；1个基础医学实验中心（下设五个实验室：人体解剖学、形态学、机能学、病原生物与免疫学、生物化学与分子生物学)；同时管理法医学专业。自治区重点学科2个、重点培育学科2个；自治区优质精品课程2门、自治区精品课程7门；自治区重点实验室2个；自治区实验教学示范中心1个。自治区级教学团队1个，一级硕士学位授予点1个，二级硕士学位授予点4个。校级重点学科4个、重点建设学科3个。
基础学院党总支：下设8个教工党支部和1个学生党支部，以及团总支。现有教工党员59名；学生党员94名。2011年开始实行教授治校，选举产生了第一届教授委员会。
教师队伍
现有教职工143名，其中 教授32人，副教授21人，讲师52人，助教11人；高级实验师17，实验师7，其他行政人员3人。有博士21人（其中在读9人)，硕士75人，硕士生导师23人。硕博士比例占专职教师的90%。
