随着中国高等教育体制的改革，2000年4月原复旦大学与原上海医科大学合并，成立新的复旦大学，于2001年7月27日成立复旦大学医学院，现更名为复旦大学基础医学院。学院依托综合性、研究型大学的学科优势，遵循临床与基础结合的方针，加强拓展与相关专业的交叉融合，以学科建设为根、以人才梯队建设为本，旨在培养具有科学基础宽厚、专业技能扎实、创新能力强、发展潜力大的高级医学人才。
为创办综合性大学的一流医学院，促进基础医学和临床医学的结合，加快医学学科建设，由基础医学院的领导和学校附属医院的院长组成上海医学院院务委员会，是学院的咨询决策机构。在教学管理架构上设有27个系。在行政管理架构上设有党委办公室、院长办公室、学科建设办公室、教学管理办公室、科研管理办公室、研究生教育办公室和本科生工作组、研究生工作组八个职能部门，负责管理和协调学院各方面的工作。学院现有国家重点学科22个医.学.全.在.线www.med126.com，一级学科国家重点学科3个；国家重点实验室1个；“211工程”（二期)建设重点学科8个；教育部、卫生部重点实验室9个；上海市重点学科5个；上海市临床医学中心8个。有博士后流动站4个，博士点35个，硕士点39个。
学院拥有一支国内一流的师资队伍，其中既有一批在国内外享有盛誉，学术造诣深，医术精湛的老一辈专家教授，又有一批近年来迅速成长起来的中青年学术骨干和学科带头人。他们中有中国科学院院士2名，中国工程院院士4名，教育部长江特聘教授10名，国家杰出青年科学基金获得者10名。学院现有博士生导师249名，硕士生导师451名。为了保持一支稳定的、热爱教育工作的临床医学师资队伍，学院对学校各附属医院的教师实施临床授课教授岗位聘任制，聘任授课教师554 名，其中授课教授204人，授课副教授206人，助理教授144人。近年来，上海医学院已与美国哈佛大学医学院、美国哥伦比亚大学医学院、澳大利亚悉尼大学医学院、荷兰格罗宁根大学医学院、瑞典Umea大学医学院、加拿大大不列颠哥伦比亚大学、日本大阪大学、香港大学李嘉诚医学院、香港中文大学医学院等建立了院际关系，双向进行科研项目合作，学者相互访问交流，选派青年教师进修学习，开展在读医学生的互换实习等活动。
