历史溯源
复旦大学上海医学院生物医学研究院始建于2005年5月，是国家985工程建设的科技创新平台和上海医学院的研究机构。研究院以“转化医学”为目标，积极推动复旦大学生命科学与医学的有机结合，建立基础科学与临床需求的紧密联系。
组织结构、学科布局
生物医学研究院实行首席科学家负责制和PI管理模式。研究院配置了国际先进的科研设备，创建了独特的共享体制。机制上采用灵活的方式与各院系和附属医院进行共建。
生物医学研究院建设有三个中心，一个平台，即表观遗传医学研究中心、系统生物医学研究中心、分子细胞生物学研究中心和生物医学公共技术平台www.med126.com。根据研究工作的需要，建设了蛋白质组学与系统生物学、基因组学、、分子与细胞生物学、药物与结构生物学、传染病与公共卫生研究、病理研究、癌症研究、心血管研究、干细胞研究、出生缺陷研究、小动物分子影像研究等十二个技术平台，总建设实验室面积4011平方米。
生物医学研究院共有40万元以上大型仪器设备51台，10-40万元的仪器131台/套，包括大型质谱仪、一代二代测序仪、核磁共振仪、X射线衍射仪、显微切割仪、流式细胞仪、小动物SPECT/CT、小动物活体成像仪、小动物超声、多功能工作站、多功能扫描仪、DNA合成仪等。通过开放共享的机制，研究院将为校内外生物医学研究工作者提供高水平的技术支持和服务。
师资力量
研究院现拥有院士13名，全时引进PI 19人，分时引进PI 7人，双聘PI 50人，研究人员20余名，工程技术人员20余名。科研团队中，短期项目千人计划1人，长期项目千人计划3人，青年千人计划1人，长江学者特聘教授14人，长江学者讲座教授6人，目前已形成的研究团队包括：分子细胞生物学团队、肝癌研究团队、传染病研究团队、表观遗传学研究团队、蛋白质组学团队、干细胞研究团队、心血管疾病研究团队等。
研究领域
研究院以国家中长期科技规划以及国家、上海市的经济建设和社会发展设计组织项目申请和团队建设为出发点，设立的主要研究方向包括医学全在线搜集整,理www.med126.com：代谢和分子细胞生物学、表观遗传医学和干细胞学、疾病系统生物学和创新药物和结构生物学、出生缺陷与发育生物学。
科研经费、论文、项目、成果
截至2012年12月生物医学研究院全职人员和双聘人员共申请到国家和地方科研项目批准经费额度总计6亿元，发表以复旦大学为第一署名单位的含生物医学研究院的SCI论文844余篇。研究论文大部分发表在跨学科的综合交叉的顶尖刊物上，包括Cell、Science、 Nat Medicine、 Nat Genetics、 Nature Cell Biol、Cancer Cell、Mol Cell、PNAS以及一级/二级学科的权威刊物等。2009年至2012年，我院连续每年均在国际顶尖刊物Cell，Science上以第一作者或通讯作者发表论文。
国内外交流合作
我院共承办、举办国际顶尖国际会议8次，邀请了Lee Hartwell，Tim Hunt，田中耕一，Peter Agre，Kurt Wuetrich教授、Thomas A Steitz等诺贝尔奖获得者作学术报告，来访皇家学会会员、院士等20余人。
发展目标、愿景
生物医学研究院未来要发展成为世界一流的对重大疾病进行生物医学交叉的基地，成为攻克威胁人类重大疾病的科研中心，基础与临床、治疗与预防等交叉的合作平台。
