安徽中医学院是全国最早开办中医研究生教育的高校之一，1978年开始招收硕士研究生，1999年开始与复旦大学、北京中医药大学等联合培养博士研究生；2008年，获准成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生的院校。学校是安徽省高校首批博士后岗位设置单位。2009年，学校以中医学、中药学为授权学科，中西医结合、药学学科为支撑学科成功申报并成为国家级新增博士学位授予立项建设单位，即将迎来国务院学位办终期检查验收。
学校以博士点立项建设为带动医学全在线,搜集整,理www.med126.com，强化重点学科内涵建设。现有省部级以上重点学科30个，其中，国家中医药重点学科17 个，安徽省A类重点学科1 个，安徽省B类重点学科12个。
学校有4个一级学科具有硕士学位授予权，25个二级学科具有硕士学位授予权，2个专业硕士学位授权点。
面向“十二五”，学校遵循高等中医药教育发展规律，坚持以中医、中药、中西医结合、药学学科为主体，凸显中医药特色和优势，同时积极发展中医药相关学科，形成医、管、理、工、经、文多学科协调发展的学科体系。
