学校学历教育以研究生和本科生培养为主。设有八年制临床医学、口腔医学；五年制临床医学、口腔医学、空军临床医学、临床医学（康复医学与疗养学)；四年制生物医学工程、药学、药物制剂、公共事业管理（卫生统计)、生物技术、护理学等12个本科专业。函授本科专业：生物医学工程，医学实验技术，公共事业管理，护理学，预防医学，药物制剂；夜大学：临床医学专业。还担负全军医务干部定期轮训。
第四军医大学是国家首批博士、硕士学位授权单位。学校现有基础医学、口腔医学、生物医学工程、生物学等6个博士学位授权一级学科，博士学位授权二级学科45个，硕士学位授权二级学科63个。
按照国家《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》，学校学科涉及6个门类，21个一级学科。其中一级分别是：哲学、理论经济学、政治学、教育学、心理学、外国语言文学、数学、科学技术史、生物学、计算机科学与技术、生物医学工程www.med126.com、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、军队指挥学、军事后勤学与军事装备学、公共管理、图书馆情报与档案管理。
我校目前具有150多个科室（教研室)。现有基础医学、临床医学、生物学、口腔医学、公共卫生与预防医学、生物医学工程等7个博士后流动站；其中国家重点学科19个(培育4个)，国家重点实验室1个，是西北地区唯一的生物医学领域国家重点实验室；还有全军医学专科中心研究所25个，全军医学专业重点实验室13个。有12个“211工程”三期重点学科建设项目，13个“长江学者奖励计划”特聘教授岗位学科，硕士学位二级授权学科63个，博士学位二级授权学科45个，全军重点建设学科专业领域3个。此外，还有2个国家临床药理基地、1个全军临床药理基地，另设中国癌症基金会肿瘤研究所及国家“８６３”西安细胞工程中心。国家级重点学科数量在全军院校中最多，全军医学研究所、医学专科中心数量、全军医学重点实验室数量在全军医科院校中最多。
