海南医学院的前身为海南医学专科学校，1948年由宋子文等琼籍士绅捐资创建。1977年起开设本科专业。1993年经国家教委批准海南医学院独立建制。1994年获学士学位授予权。1996年通过国家教委本科教学工作合格评估。
学校始终坚持“发挥特色，服务地方”的办学方针，形成了普通本科教育、成人教育、高等职业技术教育、联合培养研究生学历教育和留学生教育并举的多元办学格局。目前，共有全职教职工2677人（含直属附属医院)，专任教师及研究人员1028人，其中，高级技术职称者542人，博士、硕士共641人。学校现有城西、龙华两个校区，设有直属附属医院1所、非直属附属医院3所、临床教学（实习)基地80多个，拥有国家级特色专业建设点2个（临床医学和药学)、国家中医药管理局重点学科1个（中医肝病重点学科)、国家级教育培训基地1个（卫生部专科医师（全科医学)培训基地)、全国科普教育基地1个（海南省人类生命科技馆)、国家级药物临床试验专科基地7个（呼吸、心血管、神经内科医,学.全,在.线www.med126.com、妇产、泌尿、内分泌、消化)、国家级临床技能实验教学示范中心建设单位1个（临床技能中心)。学校主办的《AsianPacificJournalofTropicalMedicine》被美国《科学引文索引》（SCI)、美国《医学索引》（Medline)等12种著名国际检索机构、14种国际文摘收录。
学校拥有海南省目前高校中规模最大、设备最先进、功能最齐全的图书馆大楼，馆藏文献总量超81万册、期刊近4000种。校园已建成主干双核心万兆环网，双通道连接中国教育与科研计算机网和中国网，实现全校区高带宽无线网覆盖的高效能校园网络。学校主编出版中国惟一的一本全英文版热带医药国际性刊物《亚太热带医药杂志》，已进入国际所有医学检索系统（包括SCI、Medline)；《海南医学院学报》入选2011年《中国科技期刊引证报告（核心版)》，其影响因子在全国医学院校230余种期刊中排名第四，连续三年进入11个国际重要数据库和12种国际检索。
学校2003年被教育部确定为联合培养硕士研究生单位。2004年经教育部批准与北京大学联合培养硕士研究生。2005年通过教育部本科教学工作水平评估。2005年海南省学位委员会同意学校作为新增硕士学位授予单位予以立项。2009年海南省教育厅正式报国务院学位办备案，学校开展新增硕士学位授予单位建设。
2011年4月组建研究生部，主要负责全校研究生教育管理，包括导师队伍建设、招生、学籍学位管理、教学管理、思政及生活管理、就业指导等。研究生部下设三个科室,分别为综合管理科、招生学籍科、培养学位科。2011年12月在相关二级院系设置研究生管理办公室（科)，形成较为完善的研究生教育与管理体系，逐步建立了一整套研究生管理与培养制度。
学校确立“以学科建设为龙头，带动整体发展”的办学思路，凝练出了一批有特色的、稳定的、支撑作用较强的学科方向。同时进一步加强学科建设，基础医学医学全在,线www.med126.com、临床医学、药学和生物学等学科在原有的基础上学科方向又有新的突破，涵盖了医学、生物学和药学的主要领域，且在热带医学、热带药学、生殖医学、黎族遗传病等领域的研究活跃，特色鲜明，研究水平在海南省保持领先，部分方向在国内具有一定的竞争优势。这些学科方向在研究条件、师资力量和承担科研任务等方面均具备了培养硕士研究生的条件。
科学研究基础条件得到较大改善。学校现有卫生部临床重点建设专科1个、国家中医药管理局重点学科1个、海南省重点学科5个、海南省卫生厅医学重点学科和重点建设学科6个、校级重点学科17个、研究所（中心)6个。由海南省重点实验室、国家级和省级教育培训基地及实验教学示范中心、教学及专业实验室、学校科研公用平台等构成了支撑教学、科研工作的实验体系。此外，在医学、生物学、药学方面形成了较为完备的、条件较好的研究体系。这些实验平台的建设为学科的发展提供了坚实的基础，同时也为研究生教育创造了良好的条件。
