清华大学医学院基础医学系成立于2010年11月25日。
基础医学系基于现代医学的发展趋势，布局安排了膜蛋白与重大疾病、表观遗传与癌症、干细胞与再生医学、神经科学与疾病、免疫与传染病等五个重点研究方向。
基础医学系拥有立志高远、基础雄厚、敢为人先、朝气蓬勃的教师队伍，研究领域涵盖解剖学、胚胎学、干细胞和再生医学、免疫学、微生物学、神经生物学、癌症生物学医,学,全,在,线,提,供www.med126.com、结构生物学、生理学、病理学、行为科学、生物医学信息学等学科。所有教师致力于本科及研究生的教学及前沿的科学研究。在研究上力求为治疗和预防严重危及人类健康的疾病，如癌症、老年痴呆症、糖尿病、感染性疾病、免疫相关疾病及艾滋病等在分子、细胞、动物和人体研究等方面取得突破性进展。
基础医学系的主要教学工作包括清华大学医学实验班的基础医学课程的讲授以及研究生基础课程的讲授。
