第一部分  正确认识中医整体论
古代的生产水平和科学技术的水平低下，人们没有条件和手段把研究对象打开，以对其各个部分和细节进行研究。只能从整体着眼、着手，从整体水平进行观察和研究。就整体研究整体，形成整体论思维方式。在那时，无论是哲学、自然科学还是医学都是这样。以医学为例，整体论思维方式的基本特征是强调人的整体性。把注意的中心，放在人的整体水平。考察和调节在人的整体水平呈现的健康与疾病的过程。总结和掌握整体性的规律。整体性是人的一种根本特性。整体论思维方式符合人的这种特性，因而在本质上是合理的，其临床意义已经得到充分证明。
一  整体论的特点：
（一)整体性。
它把人理解为一个整体，把疾病理解为整体的人发生的过程。强调的是“人病”、“治人”，直接从人的整体水平着眼，研究人的健康与疾病的整体性内容和表现。掌握影响健康和调理疾病的整体性机制和规律。能够反映人的整体性本质。
（二)模糊性。
由于没条件和手段对人体进行变革性研究，摆在人们面前的人还是一个没有被打开的“黑箱”。不但对人体内部的结构与功能缺乏深入的了解，而且对人的整体性变化的过程和机制也缺乏细节方面的了解。医学所认识和理解的人还是一个混沌的整体。对人的整体的把握不能不带有笼统，模糊的特点。
（三)思辨性。
在研究中虽然能够掌握相当多的事实，但事实往往很不充分。不能满足揭示本质、总结规律、建立理论的需要。为了弥补这种不足，不得不采用古代通行的思辨方法，从哲学观点通过演绎推理来说明具体现象。从已知现象通过取象比类，来说明未知现象。用猜测来填补事实的不足。用想象的联系来描述事物或变化的关系。这样做，在许多情况下能够首尾一致，自圆其说。能够提出一些天才的见解，能够预见未来的一些重要发现，但也带着许多漏洞，往往包含着一些谬误。
二  整体论的局限
（一)没有打开认识整体内部机制和规律的道路。
虽然强调了人的整体性，但整体论面前的人体还是一个“黑箱”，还没有把人的整体打开，没有打通了解各部分细节的道路。对人体的各部分缺乏必要的了解，对部分与整体的相互关系更缺乏具体了解，不能认识和揭示整体性的内部机制和规律，因而许多现象往往“知其然而不知其所以然。”
（二)研究所及，限于直观范围。
当时没有必要的技术手段来延长人的感觉器官，对人的健康与疾病的考察只能靠人的感觉器官的直接感知。这种直观研究受着人的视觉、听觉、嗅觉、触觉的生理阈值的限制，认识的广度、深度都十分有限。医学上必须掌握的许多重要内容，如人体内部的结构和功能，各种病变的微观机制和过程等，都落在研究的视野之外。
（三)不能科学地阐明人的整体性的根源。
人的整体的属性、功能、行为不同于部分，也不能以其部分之和得到说明。但它不是凭空产生的。有其基础和根源。由于整体论思维对人的整体性的研究和认识没有充分地展开和深化，在肯定和掌握人的整体性的时候，并不能科学地说明这种整体性的基础和根源。为了作出必要的说明或解释，不得不借助思辨，或用演绎推理来说明。古希腊人则设想出一种超物质的“隐得莱希”来说明。后来发展为“活力论”，认为生命和人的整体性不能用物理、化学规律来说明，只能用“活力”来说明，陷入了唯心主义。
三  朴素辩证法不是辩证法
我们说整体论具有思辨性的特征。我们常常把整体论的思辨性称为朴素辩证法。在朴素辩证法这个概念中包含两个意义。一个是说“像”辩证法；另一个是说比辩证法“朴素”。这个“朴素”是指时间的古老和内容方面的“不到位”。用否定之否定和螺旋式上升的认识论思想了认识“朴素辩证法”和“辩证法”的关系，就可以知道，“朴素辩证法”和“辩证法”是处于认识的螺旋线中同一个认识螺旋的两端。如果是在同一个水平中的圆圈，那么这两个端点应该是重合的。也就是说“朴素辩证法就是辩证法”。在正如黑格尔所说的，否定之否定是一个圆圈式的发展。但是，马克思的否定之否定是一个螺旋式上升的过程。同样用辩证法命名的两点，并没有在同一个平面重合。这个由螺旋式上升所形成两点之间的距离，说明朴素辩证法和辩证法之间有时间的不同，更有本质的不同。这两个概念处在两个完全不同的发展层次。