哲学与科学，在概念上的区别是前者着重于完备性而后者力求确定性。爱因斯坦说：“西方科学的发展是以两个伟大的成就为基础的，那就是希腊哲学家发明的形式逻辑体系(在欧几里得几何学中)，以及发现通过系统的实验有可能找出因果关系(在文艺复兴时期)。在我看来，中国的贤哲没有走上这两步，那是用不着惊奇的”，说明西方传统哲学转而包含着向科学的追求。中医学的文化背景和历史条件，使它富于哲理，中国传统的天人合一说融汇于中医的基础理论里，这种境界不是西方传统哲学(主客二分的思想)的那种抽象的概念世界，而是对现实事物的各种关系的整体把握，所以中医学始终贯穿着整体观，但是远离着现代科学。西方医学并未受西方传统哲学的影响，而是从属于科学的发展，致力于局部而微观的求证。

　　中医学作为一门学科，如果与时代的发展脱节，那么不论它的过去如何辉煌灿烂，也可能和陈列的古董一样，记载历史而已。现代医学是沿着工业革命的轨迹而发展至今，是基于对生物体的结构以及疾病演变的观测手段不断更新而迅速进步，从世界上第一次的工业技术革命，第二次的信息技术革命及第三次已经来临的基因技术革命，21世纪将是生命科学的世纪，已经准备在3年内完成人类基因的30亿核苷酸测序，并提供象元素周期表那样的人类基因组的生物学周期表，可供破译疾病中的变异基因，探寻有效的基因治疗，当然，基因治疗有它的局限性，目前开展大规模的基因治疗并不现实，而大量人类疾病不能归结于单基因的变异，而是多基因病，象心、脑血管病，糖尿病，肥胖，骨质疏松等是由多种功能基因的调控失常所致。由于基因的复杂性，估计现代科学要花1个世纪才能弄清功能基因的结构与相关功能，在基因表达方面缺乏整体性调节手段。因此还需要在宏观(整体观)与微观、最基本的和最复杂的两个层面同时作出努力，中医学有望在宏观着眼这方面发挥其特色与优势。

　　中医学与现代医学是两种不同的学科体系，有不同的思维方式，西医学的研究是从局部出发针对结构，采取单方面拮抗性治疗，中医学与之迥然不同，其研究是从整体着眼针对功能，采取多方面的调节性治疗。若以现代医学的研究结构的思维方式是难以发掘与阐明中医学的特色与精华，而必须遵循中医在自身发展中的轨迹，力求以精确的定量检测手段，探寻与体现中医理论与实践的客观规律和科学内涵。