鉴于本病病原体发现时间不长，发病机制尚不清。肺炎衣原体侵入人体后，主要引起单核巨噬细胞反应，肺泡巨噬细胞作为病原体贮存和传播的载体，www.med126.com造成其在宿主体内的持续感染。在非人哺乳动物如小鼠及猴的实验动物研究中发现，感染后多无症状，大部分在2个月后出现肺部病变，主要表现为间质性肺炎，早期局部有多核细胞浸润，以后则为巨噬细胞和淋巴细胞浸润。可从肺部及脾脏分离出肺炎衣原体。www.med126.com其感染多为慢性，故与许多慢性感染有关，如冠心病、动脉粥样硬化、www.med126.com慢性阻塞性肺病（COPD)、支气管喘息、结节病及反应性关节炎等。