凝胶层析又称分子筛过滤或排阻层析等。固定相是多孔凝胶，各组分的分子大小不同，因而在凝胶上受阻滞的程度也不同。本法的优点是所用凝胶属于惰性载体，吸附力弱，操作条件温和，不需要有机溶剂，对高分子物质有很好的分离效果。常用的凝胶有Sephadex G系列。凝胶层析可用于脱盐、分离提纯、测定高分子物质的分子量、高分子溶液的浓缩等。