2008年12月，卫生部医师资格考试委员会印发《关于颁布<医师资格考试大纲（2009年版)>（临床、口腔、公共卫生类别)的通知》（卫医考委发〔2008〕11号)。该大纲作为医师资格考试命题的依据，于2009年开始使用。

新大纲是根据《中华人民共和国执业医师法》和《医师资格考试暂行办法》，对《1999年医师资格考试大纲（医学综合笔试部分)》和《1999年医师资格考试大纲（实践技能考试部分)》的修订。

新大纲初步改变了过去以传统学科为基础的考试模式，紧密结合了我国医疗卫生工作实际，逐步向按系统、疾病为基础的考试模式过渡。新大纲注重学科间整合，重点考察考生动手操作能力和综合运用所学知识解决问题的能力，力求全面、科学地考察考生的知识和能力。按照新大纲的要求，2009年医师资格考试实践技能考试三站考试程序不变，但对具体考试内容进行调整，加大技能考试分量，突出操作部分；医学综合笔试在临床类别加大预防内容，在公卫类别加大临床内容，在口腔类别加大整体医疗内容。