《针灸大成》是由靳贤在杨继洲《玄机秘要》的基础上，补辑重编而成，于万历二十九年，由赵文炳主持刻印。故该书的著者项应如下题作"明·杨继洲原著，靳贤补辑重编"。经考察，书目所著录各类"明刊本"《针灸大成》多系清·顺治十四年李月桂"重修本"及康熙三十七年王辅"递修本"（撤去李月桂、王辅序以充原本)。诸本均可见有大量后人描补、涂改，或有较多的抄配部分。故在未查及真正的明万历原刊初印本之前，整理《针灸大成》应以未经后人"改装"的李月桂"重修本"为底本，该本中的字迹漫漶处，应主要依据李月桂康熙重刊初印本加以确认。

靳贤编《针灸大成》时，直接采用的医书只有十四部。集录原文虽多于篇目下注有出处，但其中有不少与实际引文出处不符。另有不少文献不是直接集自原始文献，而是从晚出医书中转录，其抄录他书原文每有改编之例。《针灸大成》中凡注有"杨氏"、"杨氏集"、"杨氏注解"、"玄机秘要"字样的篇目均出自杨继洲《玄机秘要》。《针灸大成》虽收录了《玄机秘要》的全文（包括原书的序文)，但内容经靳贤改编，已非原书旧貌。