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《哈尔滨医科大学学报》杂志社创刊于1951年，是由黑龙江省教育厅主管、哈尔滨医科大学主办、《哈尔滨医科大学学报》编辑部承办的医学综合性学术刊物。主编：杨宝峰校长。该刊的栏目设置为：论著（基础医学、临床医学、预防医学)，经验交流，技术与方法，综述等。
《哈尔滨医科大学学报》杂志社主要刊登：哈尔滨医科大学教师、研究生、医务人员、科研人员及海内外校友在科研、医疗和边缘学科等领域的研究成果及综述性文章。《学报》曾先后获得全国高等学校自然科学学报优秀编辑质量三等奖；全国高等医学院校学报质量二等奖；全国优秀科技期刊三等奖；全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖；全国高校优秀科技期刊二等奖；黑龙江省高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖；黑龙江省优秀科技期刊二等奖；《中国学术期刊（光盘版)检索与评价数据规范》执行优秀奖。2001年成为“中国期刊方阵双效期刊”。2004年被编入《中文核心期刊要目总览》（第四版)。
《哈尔滨医科大学学报》杂志社已被《中国科学引文数据库》、《万方数据-数字化期刊群》、《中国科技期刊精品数据库》、《中国学术期刊（光盘版)数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中文生物医学期刊数据库》、《中文科技期刊数据库》、《中国医学文摘》（7个分册)等收录。
《哈尔滨医科大学学报》杂志社主要栏目：论著（基础医学、临床医学、预防医学)，经验交流，技术与方法，综述。
