1.需求原则
这是选题的首要原则。科研工作要解决的基本问题不是空中楼阁，而是医学实践中所遇到的最基本问题，如直接威胁人类健康、死亡率高的心、脑血管疾病，肿瘤与糖尿病的治疗手段与预防措施。掌握疾病发生规律的医学基础研究如幽门螺杆菌的研究揭示了胃、十二指肠溃疡发病的过程及原因。不论是基础研究还是临床研究，都是医学实践助根本需求。为了适应我国国情，要把有限的科研资金投入到最迫切需要解决的医学课题中去。为此。基础医学研究应致力于将理论与实践相结合，从事对临床医学工作具有指导意义的科学研究工作。
2.创新原则
创新是科学研究的固有特性，创新意味着前所未有的开创性工作，如孟德尔发现遗传定律、爱因斯坦发现相对论，都是前所未有的开创性工作，也可以说是世界公认的创新。但这不是大多数科学工作者所能达到的，医学研究也不应苛求前所未有。如果是在前人已有的基础上继续突破，无论在方法上、操作技术上和理论上及结果的解释上有所发现、有所前进，用目前已有的方法，在前人研究的基础上补充了新内容、新观点，发现了新规律;对观察方法和统计方法的改进;或在推理、逻辑思维、演绎、归纳等方法的改进都是创新，只要含有这些创新意义的选题就具有较高的学术价值与水平，就非低能重复.
3.可行原则
这是评价科研选题的技术指标、实施方案、设备条件、经费要求等能否实观的可行性分析。
临床科研选题的可行性取决于下列条件：①是否有足够的样本--病人;②研究方法是否易被病人接受。③研究对象的具体条件，如有些研究对象必须住院期观察，直接影响到课题的可行性。
4.协作原则
选题中应充分发挥多学科、多专业的相互配合，在经费、人力、物力使用上统筹安排，保证课题的顺利实施。
医学课题在综合研究、综合协作方面更显重要，如有些疾病的病因不仅涉及病理、微生物等医学基础学科，而且涉及到环境、生物、地理、地质、水文等学科。
5.最优化原则
即是指花最低的代价，取得最大效益的原则。
6.其他原则
除上述原则之外，一般原则有：
①要使题目尽可能具体而明确，不琐碎、不孤立。研究题目选得越具体、明确，说明研究者的思维越清楚;题目越集中，针对性越强;实验观察对象及使用的方法和观察指标之间的联系和因果关系越明确，结果的可信度越高。
② 要扬长避短，力求与自己研究的专业对El,充分发挥自己的特长，基础理论比较扎实而善于研究者，可侧重选择理论性课题;动手能力强、实践经验比较丰富者，可选择技术性课题。
③要选择有发展前途的课题，如新学科、新理论的研究。这样，当一个课题题目被做过之后，还可能引出一些新课题。
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