3.1、编辑出版单位不同
《总览》由北京大学图书馆与北京高校图书馆期刊工作研究会联合研制而成，属于民间性质；而《统计源期刊》由国家科技部委托中国科技信息研究所完成，具有一定官方性质。
3.2、学科分类原则不同
两者都采用分学科统计评价指标数据的方法。学科划分对期刊评价结果影响很大，学科划分过大，小学科学术性强的期刊会被淹没；划分过细，小学科的一般性期刊就会进入核心区。《总览》基本依据《中国图书馆分类法（第4版)》划分学科，同时考虑学科期刊的数量、期刊性质等多种因素，共设学科类目74个。《统计源期刊》则根据国家技术监督局发布的学科分类国家标准和《中国图书资料分类法（第4版)》的学科分类原则，同时考虑综合性期刊情况及各学科期刊数量与学科性质差异，增设了综合类和理工大学、工业综合类、管理学类，对农业学科及医药卫生类学科作了进一步细分，共设55个学科类目医.学全.在.线网站www.med126.com。
3.3、期刊的来源与范围不同
《总览》以52种数据库或文摘刊物作为评价指标统计源，统计文献量总计达943万篇，涉及期刊1.2万种，通过多指标综合评价的定量评价方法及定性评价，取各学科专业期刊数量的15%和进入统计的期刊数量的2%，共评选出1798种核心期刊。覆盖的学科范围广泛，包括社会学科（社会学、政治、法律、军事、经济、文化教育、历史等)与自然学科（医药、农业、工业技术等)，但未收录港、澳、台及国内出版的英文刊物。
《统计源期刊》来源期刊的选择综合参考了国外重要检索数据库收录国内期刊的情况及国内已有文献计量分析成果、国内大型检索工具、各学会学报及其重要期刊等各种期刊表，并征询了专家意见，每年根据期刊文献的被引用情况等因素对来源期刊表进行一定的调整。期刊入选原则是：①期刊文献的同行评审；②期刊文献计量指标；③期刊的社会和学科影响；④期刊文献是否反映了本学科的研究成果；⑤照顾新兴学科和高技术学科；⑥适当的地区性考虑；⑦在国际和国内的显示度。《统计源期刊》仅包括国内出版的科技类期刊，包括国内出版的英文刊物，但不包含社会学科期刊。
3.4、评价指标体系不同
《总览》采用定性与定量相结合的方法，核心期刊选择了52种数据库或文摘刊物作为评价指标统计源，评价指标体系由7个评价指标组成：被索量、被摘量、被引量、他引量、影响因子、被摘率、获奖或被重要检索工具收录。专家定性评审力度大，共选聘1871位评审专家参加了核心期刊的评审。而《统计源期刊》定性评价力度相对小，虽然经过一定的同行评审，但以定量研究为主，强调研究结果的客观性。2004年评价计量指标选择了两部分共15项指标：①期刊引用计量指标：总被引频次、影响因子、扩散因子、引用期刊数、即年指标、他引率、被引半衰期。主要显示期刊被读者使用和重视的程度，以及在科学交流中的地位与作用。②来源期刊计量指标：来源文献量、参考文献量、平均引用率、平均作者数、地区分布数、机构数、国际论文比、基金论文比。通过来源文献的统计分析，全面描述该期刊的学术水平、编辑状况和科学交流程度。
3.5、收录期刊数量不同
《总览》核心期刊表收录期刊总数1798种，其中生物科学类44种，医药卫生类223种。《统计源期刊》收录期刊总数1576种，其中生物科学类51种，医药卫生类423种。223种生物医学期刊既是《总览》中确认的核心期刊，又是统计源期刊。两者在特种医学、耳鼻咽喉、皮肤、神经病学与精神病学、肿瘤学、儿科、妇产科、口腔医学、外科、皮肤与性病等学科类目中所收刊种完全一致。
3.6、出版周期不同
《总览》每4年出一新版，出版时间比数据统计大约滞后2.5年，反映期刊变化不够及时。《统计源期刊》每年更新，能够较快反映期刊发展动态医.学全.在.线网站www.med126.com。
3.7、对综合性学科与边缘性、交叉性学科期刊评价效果不同
由于《总览》是分学科评价的，因此综合性和交叉学科期刊会因为刊载的论文学科分散而难以进入核心期刊表。2000年版开始通过增加综合性学科类目，将综合性期刊分散在各学科的数据汇总一起进行评价，产生综合性核心期刊表，较好解决了综合性期刊问题。但边缘性、交叉性学科的优秀期刊进不了核心区的问题仍未能很好解决。
《统计源期刊》选择入选期刊时给新兴学科和高技术学科一定考虑，并适当照顾期刊的地区性。
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