本方向在多年的发展中，逐步形成了生化与免疫药理学、分子药理学与毒理学、神经药理学、临床药理学等几个次级研究方向。
生化与免疫药理学方向目前承担了包括8项国家自然基金等在内的20余项国家级、省市级科研项目。发表SCI论文33篇。拥有浙江省生物技术制药工程重点实验室等一流的科研教学平台，并与美国哈佛大学、路易斯威尔大学等国际一流高校建立了科研合作关系。主要研究生物药物（生长因子)等对重大疾病如糖尿病并发症、难愈性溃疡等的药理机制及在生殖、发育中的作用机制等。
在神经药理学方向，本方向对学习记忆和促智药物的研究一直处于领先的地位，尤其是深入地研究了谷氨酸和γ-氨基丁酸系统对学习记忆的影响；近年来在神经退行性疾病、脑缺血再灌注、抑郁症相关研究方面不断深入。本方向在《Mol Psychiatry》、《Neurosci Lett》、《Neurobiol Aging》等神经药理权威期刊均有论文发表。
在分子药理学与毒理学方向上，本方向对毒理学的研究已有较长的历史，多年来坚持开展农药等中毒解救的研究，尤其是对沙蚕毒素系和毒鼠强的毒理与解毒研究在国内有很大的影响；对二巯基化合物的研究，填补了国内的空白。目前，与美国洛克菲勒大学合作建立了温州医学院分子毒理与药理研究所，在分子水平的研究进一步深入。本方向在《Life Sci》、《Toxicol Lett》、《Toxicol Sci》均有论文发表。
在临床药理学方向，已与华中科技大学同济医学院国家药品临床试验基地等单位建立了长期合作关系，具备开展新药临床试验的能力医.学,全 在线提供www.med126.com。在药物的人体代谢动力学、新药的人体生物等效性及药物的不良反应研究方面具有较好的研究基础。
方向七：生物技术制药：
生物技术制药拥有一支学术水平高、科研素质强的教师队伍。具有博士学位的教师比例高，且均来自国内外知名高校。
生物技术制药团队长期从事生长因子及其相关基因工程药物的基础理论、临床应用研究。近年先后承担并顺利完成国家自然基金、国家863、国家“973”计划、浙江省自然基金重点项目等项目。在国内外发表学术论文140余篇（SCI收录39篇，总他引次数74)，申请发明专利40项，获授权 4项，已公开36项，获国家科技进步奖2项，省部级一等奖3项。主持创新药物研发2项、药械1项，参与创新药物研发1项。通过对FGF突变体的系统筛选和优化，FGF新型突变体（FGF-1/135) “重组人酸性成纤维细胞生长因子（rhaFGF)”在世界上首次研制成功，并获得国家药品监督管理局颁发的一类新药证书（国药证字S20060078)并上市，同时围绕生长因子在胚胎发育、糖尿病并发症防治等领域发表PNAS、J Am Coll Cardiol、The Lancet等国际权威杂志。
本方向拥有浙江省生物技术制药工程重点实验室，具备相当完善的软硬件设施。这些实验室和实训基地可满足基因工程药物、蛋白药物、化学合成药物及天然药物的中试条件及产业化；同时，还与十多家具有GMP认证资格的生物制药厂家建立了广泛的合作关系。这些都保证了生物技术药物学科的顺利实施。
方向八：临床药学：
临床药学的核心内容为“以病人为中心的合理用药”，侧重于研究药物和人的关系，主要研究方向包括：临床药效学、临床药物动力学、药效学相互作用，药物不良反应与药源性疾病研究，临床药物安全评价等。
本方向的学科带头人为2010年度中国优秀药师奖的获得者（全国仅75名药师获奖，我省仅2名)，长期从事临床药学的研究工作。学术梯队中拥有以长江学者特聘教授、教育部新世纪优秀人才、新世纪百千万人才工程国家级人选等为代表的高层次人才，骨干成员中有医学背景的导师，也有药学背景的导师，涵盖的研究领域有：胃肠外营养，药物流行病学，毒理学，生物药学，药物代谢动力学等等与临床药学紧密相关的专业方向。确保了临床药学硕士的教学工作、科研实践、药学服务实践。本着“优化结构、发展内涵”的方针，本方向已经建设成一支以药学、医学专家为骨干，专职中青年教师和临床药师为中坚力量的临床药学专业师资队伍。
