2013年至2017年，教育部、财政部选择国际科学前沿和国家经济社会发展中最为迫切的领域，择优、择重认定不超过80个2011协同创新中心。探索协同创新机制，构建协同创新模式，建立绩效管理与考评方法，形成“2011计划”和2011协同创新中心运行管理的良性机制。一批2011协同创新中心在一些国际科技前沿和国民经济、社会发展的重点领域取得重大突破和重大标志性成果，为推进高校综合改革、转变高校发展方式探索道路并取得明显进展。2017年之后，在总结“2011计划”实施成效和经验的基础上，按照中央关于深化教育体制、科技体制、财税体制等改革的部署和要求，动态调整组织实施方式，进一步优化协同创新体制机制，推动协同创新中心持续健康发展。
各类协同创新中心发展目标如下：
(一)面向科学前沿的协同创新中心
以“追求卓越、促进交叉、国际接轨、世界一流”为建设宗旨，经过改革发展，使面向科学前沿的协同创新中心建设成为具有国际重大影响的学术高地，汇聚一流人才和培养拔尖创新人才的重要平台，推动国际科技合作与交流的学术中心。主要建设目标如下：
1.产出国际学术界公认、具有重大科学价值的原始创新成果，引领该领域前沿的部分新方向和新兴学科。协同创新中心依托的主体学科学术影响力进入国际前列医学,全 在线.提 供www.med126.com，总体实力达到该领域的世界一流水平。
2.汇聚形成国际化的高水平科研团队，培养出具备国际化视野、杰出创新能力的科研人才，人才培养水平为国际一流大学和顶尖科研机构认可。
3.开展具有国际重大影响的学术交流活动，主办或承办该领域国际顶尖学术会议、学术期刊，与国内外一流的大学、科研机构建立实质性的合作，成为全球杰出科学家访问、交流最为活跃的中心之一。
4.建立国际化的人员聘用、人才选拔、学生培养、科研组织与管理等新模式，形成以原始创新的质量和贡献为导向的评价与激励体系，构建多元、融合、开放、流动的运行机制，营造出良好的学术环境和文化。
(二)面向文化传承创新的协同创新中心
以“传承文明、创新理论、咨政育人、服务发展”为建设宗旨，经过改革发展，使面向文化传承创新的协同创新中心建设成为服务重大决策的国家智库，推动文化传承创新的主力阵营，引领我国人文社会科学发展和理论创新的前沿阵地，高水平人才汇聚、拔尖创新人才培养和高水平国际学术合作交流的重要平台。主要建设目标如下：
1.围绕党和政府关注的重大现实问题和人民群众关心的热点难点问题，汇聚多学科力量，开展全局性、战略性、前瞻性综合研究，提出具有针对性、实用性、操作性的政策建议，积极引导社会舆论，为国家经济社会发展、党和政府科学决策提供有力的智力支撑。
2.服务社会主义文化强国建设的战略目标，大力推进社会主义核心价值体系建设，推出一批传承人类文明、弘扬中华优秀传统文化、体现社会主义先进文化要求的标志性成果，积极开展优秀文化的传播普及，提升全民文化素质，推动中华文化走向世界。
3.面向国际学术前沿，坚持问题导向，打破学科壁垒，促进学科间的相互渗透与交融，成为新兴学科和交叉学科的孵化器和推进器，引领哲学社会科学学科发展。
4.创新人才培养模式，推动复合型人才的联合培养，深化评价和人事制度改革，汇聚国内外相关领域一流人才和团队,成为我国在该领域最高水平的人才汇聚、创新人才培养和国际高端人才交流的基地。
(三)面向行业产业的协同创新中心
以“支撑传统、引领新兴、产学融合、贡献重大”为建设宗旨，经过改革发展，使面向行业产业的协同创新中心建设成为我国行业产业前瞻与共性技术研发的重要基地，推动产学研用融合发展的转化平台，高端行业产业人才的培养摇篮。主要建设目标如下：
1.紧密围绕国家传统产业转型升级和战略新兴产业培育的重大需求，以重大创新任务为牵引，产出重大技术装备、重大技术体系以及系统解决方案，支撑引领行业产业技术进步作用显著。
2.促进多学科的交叉融合和新兴学科的产生，依托的主体学科进入了国际领先行列。聚集该领域杰出人才和国际一流水平的创新团队，为行业产业持续培养出高水平、实用化的技术领军人才。
3.与该领域的大中型骨干企业、科研院所联合建立多团队协同、多技术集成的重大研发与应用平台，形成高校与行业产业融合发展的技术创新模式，产业获益明显，社会贡献突出，自主发展能力强劲。
4.形成以重大任务为牵引的人员评聘和有组织创新机制，建立以创新贡献和服务为导向的评价与激励体系，构建面向需求、校企联合的学生培养模式，促进高校与科研院所、行业企业间的人员互动，形成了多元、融合、开放、流动的运行机制。
(四)面向区域发展的协同创新中心
以“政府主导、区域急需、创新引领、影响突出”为建设宗旨，经过改革发展，使面向区域发展的协同创新中心建设成为推动区域创新发展的核心阵地，促进区域重大成果转移和辐射的重要平台，创新人才集聚和培养的区域中心。主要建设目标如下：
1.紧密围绕区域创新发展的重大需求，以区域重大创新任务为牵引，产出一批具有重大带动和影响的创新成果，促进区域传统产业改造、新兴产业发展和社会建设，为地方政府提供重大战略咨询和服务。
2.广泛汇聚服务区域创新发展的优秀人才和创新力量，培养大量满足区域需企业的高端实用型人才，促进学科交叉融合，培育新兴学科，形成特色鲜明、国内一流的学科体系。
3.充分发挥地方政府作用，广泛集聚区域创新资源和要素，形成政府主导、依托高校、产学研用紧密协同的技术创新与成果转移新模式，产业获益明显，区域贡献突出，自主发展能力强劲。
4.形成以重大任务为牵引的人员聘用和有组织创新机制，建立以贡献和服务为导向的评价与激励体系，构建面向区域需求、校企联合的学生培养模式，促进高校与科研院所、行业企业间的人员互动，形成多元、融合、开放、流动的运行机制。
五、优先领域
(一)面向科学前沿类协同创新中心
依据《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》和《国家“十二五”科学和技术发展规划》中基础研究重点领域与方向，结合高校基础研究优势和特色，以前沿科学和交叉科学为重点，开展面向科学前沿类的协同创新。
1.前沿科学。围绕当今国际科学前沿的重大问题和基础科学发展的新方向与新要求，重点推进量子调控与凝聚态物理、极端条件物质科学、新物质创造与转化的化学科学、生命过程的分子表达与调控、系统生物学与遗传发育、脑与认知科学、地球系统科学、核心数学与应用以及量子计算与信息等领域的协同创新。
2.交叉科学。围绕当前国际共同关注的人类与社会发展中的重大科学问题，重点推进全球变化与灾害科学、区域环境与可持续发展、整合生态学、海洋科学、计算智能、材料科学、能源科学、重大疾病与转化医学、系统生物医学、现代农业生物学以及工程科学等领域的协同创新。
(二)面向文化传承类协同创新中心
依据党的十八大和十八届三中全会精神以及《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》等，结合高校人文社会科学领域的研究优势和特色，围绕完善和发展中国特色社会主义制度、推进国家治理体系和治理能力现代化，兼顾理论创新与解决现实问题，开展面向文化传承创新类的协同创新。
1.经济建设。围绕使市场在资源配置中起决定性作用深化经济体制改革中的重大问题，重点推进坚持和完善基本经济制度、现代市场体系、转变政府职能、财税体制改革、城乡发展一体化、开放型经济新体制等重点领域的协同创新。
2.政治建设。围绕坚持党的领导、人民当家作主、依法治国有机统一深化政治体制改革中的重大问题，重点推进社会主义民主政治、法治中国、权力运行制约和监督等重点领域的协同创新。
3.文化建设。围绕建设社会主义核心价值体系、社会主义文化强国深化文化体制改革中的重大问题，重点推进文化管理、现代文化市场、现代公共文化服务、文化开放等重点领域的协同创新。
4.社会建设。围绕更好地保障与改善民生、促进社会公平正义深化社会体制改革中的重大问题，重点推进教育领域综合改革、促进就业创业、收入分配格局、基本公共服务均等化、社会保障、医药卫生、社会治理、食品与公共安全等重点领域的协同创新。
5.生态文明建设。围绕建设美丽中国深化生态文明体制改革中的重大问题，重点推进自然资源资产产权和用途管制、国土空间开发保护、资源环境承载能力、资源有偿使用、生态补偿、生态环境保护管理等重点领域的协同创新。
6.党的建设。围绕提高科学执政、民主执政、依法执政水平深化党的建设制度改革中的重大问题，重点推进党的思想建设、组织建设、作风建设、反腐倡廉建设、制度建设等重点领域的协同创新。
7.外交与国际问题。围绕维护国家主权与安全、促进人类和平与发展等重大问题，重点推进构建新型大国关系、周边环境与外交、新兴国家崛起、海洋强国战略、全球治理、以及反恐维和等重点领域的协同创新。
