确诊本病可用粪便直接涂片法检查滋养体和包囊。标本宜新鲜，并反复送检可提高检出率。必要时行乙状结肠镜检，切取活组织做病理检查。用阿米巴培养基也可培养本虫。
新鲜粪便中的滋养体，可见纤毛、核和食物泡。
包囊
肠组织内的滋养体
流行与防治
结肠小袋纤毛虫是猪体内的常见寄生虫，猪是本病的重要传染源。福建莆田地区猪的感染率达33.8％。一般认为人体的大肠环境对结肠小袋纤毛虫不甚适合，因此人体的感染较少见。我国云南、广西、广东、福建、四川、湖北、河南、山东、山西、吉林、辽宁、台湾等省区都有病例报道。通常认为人的感染来源于猪，不少病例有与猪接触的病史。人体感染主要是通过吞食被包囊污染的食物或饮水。
患者可用灭滴灵或黄连素等治疗。应管好人粪、猪粪。避免虫体污染食物和水源。 注意个人卫生与饮食卫生。
