短肠综合征往往因广泛肠道切除而引起。另一种原因见于因病态肥胖而行空回肠分流术。吸收表面不足导致热量摄入不足；维生素B12以及其他维生素吸收不良，继之引起严重的营养不良并伴有神经缺陷。严重的钙和镁缺乏会导致脑病，手足搐搦，抽搐。碳水化合物能通过小肠被结肠细菌酵解为左旋和右旋乳酸。由于后者进入血液后不能进一步代谢，故引起的右旋乳酸性酸中毒会引起兴奋过敏，奇特的神经功能障碍或症状明显的脑病状态。胃肠道丢失电解质会引起低钾血症，肠道外营养会引起低磷血症，从而导致肌肉麻痹。