内源性致病菌的预防
预防内源性致病菌的感染，暂时或长期存在的正常人体菌群，通常需要对慢性带菌者进行长时间的治疗，以防止细菌从一处向其他易感部位扩散。譬如，患有金黄色葡萄球菌性复发性皮肤感染的患者，如接受氯林可霉素每日150mg口服后，能减少感染机会。血透患者伴有鼻部金黄色葡萄球菌，并有该菌引起反复感染史者，如鼻部培养金黄色葡萄球菌阳性，则用利福平600mg每日2次，连用5日，加鼻孔局部应用杆菌肽，连用7日，每3个月1次，可降低感染发生率。莫匹罗星每日2次鼻内给药可替代杆菌肽的作用。
患有复发性中耳炎的儿童采用预防治疗后可减少复发机会。同样，每年尿路感染超过3次的妇女经预防治疗后也降低了感染率。有胆道损伤并常有复发性上行性感染的患者，在用TMP-SMX或环丙沙星500mg每日2次口服后能降低感染率。
在其他病例中，只有1～2天的抗菌治疗被用于感染预防。在分娩过程中应用青霉素G或氨苄青霉素可降低产妇或新生儿的无乳链球菌感染率。通常，患有心瓣膜病或先天性心脏病患者接受齿科，外科或其他可能引起菌血症的操作时，仅用1或2剂抗菌药物就能防止心内膜炎的发生(参见第208节)。
因癌瘤行化疗而引起中性白细胞计数＜500/μl超过1周以上的患者有发生消化道寄生菌丛感染的高度危险。尽管有不同意见，预防性抗菌治疗已被用于抑制肠道内源性菌丛，以降低白细胞低下期间的感染率。一些医学中心的抗菌治疗药物耐药的方式和趋势表明不支持这种预防方法。白细胞减少患者的预防用药方案包括口服抗菌药物加上制霉菌素口服(200000u锭剂每日4次，或500000u水剂或片剂每日4次)或克霉唑(10mg锭剂每日5次)口服来对抗白色念球菌和其他霉素。青霉素Ⅴ500mg每日2次口服，可合用SMX/TMP1600/320mg每日2次，或氟喹诺酮类---环丙沙星500mg每日2次，或诺氟沙星400mg每日2次，或氧氟沙星400mg每日2次。任何方案中加入氟康唑均无益处。
对接受同种异体骨髓移植的患者，在骨髓存活前的长时间白细胞低下期内，类似的方法也用于预防感染。
ICU中要求气管插管和机械通气超过一定天数的危重病人具有患细菌性肺炎的高度危险性。在欧洲广泛应用的消化道选择性抗菌法，采用局部或全身的抗菌治疗来消除这种危险性。这种方法事先预防口咽部和消化道寄生的革兰氏阴性需氧杆菌和白色念球菌。在大多数研究中，一种含有多粘菌素B，妥布霉素或庆大霉素，和二性霉素B或制霉菌素的糊剂已在插管期间用于患者的口腔粘膜上，每日4次；含有同样药物的溶液已被用于口服或注入鼻饲管，每日数次。头孢噻肟1～2g静注，每8小时1次，可在开始5日内应用。尽管这些方案在几个研究中降低了感染率，尤其是医源性肺炎，但在美国仍未普遍应用。
外科手术时的预防
手术前后的抗菌药物应用可防止内源性菌丛从手术部位进入人体正常无菌部位。作为规定，只有当植入修复物或器械时进行所谓的无菌操作，和在要求切开呼吸道，消化道，泌尿道粘膜表面时进行污染区无菌操作时，预防用药才会有效。所有这些都寄生有宿主正常菌丛，这无可避免地会污染伤口，如不应用抗菌药物预防，极易引发伤口感染。
抗菌药物的选择基于在特殊操作过程中最易污染伤口的细菌种类。各种操作过程常用的预防药物列于表153-3。这些用药方案可依据患者的敏感性，当地的耐药趋势和当地的感染率加以修正。
为有效地预防手术部位的感染，抗菌药物通常在麻醉开始时静脉滴注，以保证手术开始时伤口有足够的药浓度。根据手术时间和药物的药代动力学，手术期间可能要求额外增加剂量。伤口关闭后是否需要增加剂量极有争议，但大多数作者主张给药(表153-3)。预防用药不应超过24小时，除非在手术期间发现有活动性感染。
潜伏或隐匿病原体的预防
对已居留于宿主体内而又未引发当前病变的潜伏或隐匿病原体的预防，要求能在免疫功能下降和病原体增殖前彻底清除病原体，或能持续地抑制病原体的生存，即能防止其复制和扩散。譬如，对经常发作的生殖道疱疹病患者用阿昔洛韦预防可明显降低其复发率和严重程度(参见第164节)。同样，对长期结核感染患者用异烟肼预防治疗能大幅度降低症状发生的可能性(参见第157节)。
抗菌治疗常用于免疫抑制患者中潜伏或隐匿性感染的预防。TMP-SMX预防卡氏肺囊虫肺炎被用于各种肿瘤化疗或器官移植患者。TMP-SMX，戊脘脒气雾吸入，氨苯砜和其他药物被用于艾滋病患者的卡氏肺孢子虫肺炎预防(参见第163节)。并且，根据艾滋病患者的CD4+ 淋巴细胞计数和暴露因素的不同，经常用药预防机会性感染引起的系统性疾病(参见第163节)。同样的预防对象也存在于输血和器官移植过程中(参见第149节)。
