由于妊娠和闭经可避免发生痛经和经血逆流，并能导致异位内膜萎缩退化，故采用性激素治疗导致患者较长时间闭经已成为临床上治疗内膜异位症的常用药物疗法。但对较大的卵巢内膜异位囊肿及卵巢包块性质尚未确定者则不宜用性激素治疗。目前临床上采用的性激素疗法如下：
1)短效避孕药：避孕药为高效孕激素和小量炔雌醇的复合片，连续周期服用，可使子宫内膜和异位内膜萎缩，导致痛经缓解和经景减少。服法与一般短效口服避孕药相同。此疗法适用于有痛经症状，但暂无生育要求的轻度内膜异位症患者。
2)高效孕激素：高效孕激素抑制垂体促性腺激素的释放和直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致内膜萎缩和闭经。甲羟孕酮每日20～50mg，连续6个月；或醋酸炔诺酮，每日5mg，连续6个月。副反应有不规则点滴出血、乳房胀、体重增加等。
3)达那唑：能阻断垂体促性腺激素的合成和释放，直接抑制卵巢甾体激素的合成，以及有可能与靶器官性激素受体相结合，使子宫内膜萎缩，导致患者短暂闭经，称假绝经疗法。用法为200mg，每日2～3次，从月经第1日开始，持续用药6个月。药物副反应有体重增加、乳房缩小、痤疮、皮脂增加、多毛、声音改变、头痛、潮热、性欲减退、肌痛性痉挛等。
4)孕三烯酮：有抗孕激素和抗雌激素作用，用于治疗内膜异位症的疗效和副反应与达那唑相同，但副反应较低医学全在线搜集整理。用法为每周2次，每次2.5mg，月经第1日开始服药，连续用药6个月。
5)促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a)：能耗尽垂体GnRH受体，使垂体分泌的促性腺激素减少，从而导致卵巢分泌的激素下降，出现暂时性绝经，此疗法又称为“药物性卵巢切除”。常用药物为亮丙瑞林缓释剂或戈舍瑞林缓释剂。副反应主要为雌激素过低所引起的潮热、阴道干燥、性欲减退及骨质丢失等绝经症状。
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