1978年 全国恢复研究生教育工作，我校为第一批招收硕士研究生单位。
1978年 恢复了夜大招生。形成了在校教育、毕业后教育，继续教育的完整三个阶段体系。
1979年3月10日 省政府任命王季午为浙江医科大学校长。
1980年国务院颁布《中华人民共和国学位条例》。1981年 我校被批准为首批博士和硕士学位授予单位。
1981年8月l4日省委任命戴迪、金干为副校长。
1982年11月23日 省委又任命戴迪、刘秀华为副书记。
从1978年到1982年的六年中，学校处于"文革"后的恢复重建时期，各系修订教学大纲，编写教学实验和实习指导书，开展教学内容和方法的改革，以培养学生分析问题和解决问题的能力。并组织有经验的教师、医师上教学、医疗工作的第一线。由于采取上述一系列措施，教学、医疗质量不断提高，在卫生部组织的全国部分医学院校医学系毕业生的统考中，l982年与1983年均获第二名，1984年获第一名。
1983年 开始为石油部代培临床医学系五年制学生。学生来源为全国各大油田所在地区的应届高中毕业生，经全国高校统一招生考试。是年秋，首批石油部新生60名入学。
1984年1月 浙江省省委任命金干为校党委书记，郑树、刘秀华为副书记；任命郑树为校长，金干、丁德云、姚竹秀、沈成芳为副校长，王季午教授为名誉校长。接着，对系、部，处室和附属医院的党政领导班子进行了调整充实。
1984年 创建临床医学工程系，学制三年。秋，30名新生入学。1986年 学制改为五年 招生数同前。
1986年 恢复公共卫生系，学制五年。是年秋，30名新生入学。
1986年 调整和新建12个研究所，即：基础医学研究所、传染病研究所、肿瘤研究所、心脑血管病研究所、环境与健康研究所、老年医学研究所、血液病研究所、计划生育研究所、临床药理研究所、药物研究所、人口研究所和医学教育研究所。
1985年8月 医学营养系招生，学制5年。
1986年10月 召开了学校第五届党代会。出席代表260名。选举金干为党委书记，郑树、刘秀华、陈昭典为党委副书记。
1987年10月 19层三号教学大楼正式开工。1991年8月，高72米建筑面积21000平方米，耗资2300万元的19层三号教学大楼竣工投入使用。
1987年12月8日 中国医学科学院与学校决定以我校12个研究所为实体，建立中国医学科学院浙江分院。郑树任分院院长，丁德云任分院副院长。
1987年冬，筹建护理系，在护校毕业并具有三年以上临床实践的优秀护士中招生，学制三年。次年秋，30名新生入学。
1988年 国家教委决定在全国15所医学院校中试办七年制高等医学教育，我校也在其中之列。1988年秋，首届七年制临床医学专业22名新生入学。七年制学生，头二年委托浙江大学培养，使其受到足够的理科基础、现代实验技术和外语等的训练，第三年回校本部继续医学课程和临床学科的学习。
1989年 香港著名实业家邵逸夫爵土捐资7000万港元，后又捐赠400万美元购置医疗设备，在杭州筹建综合医院作为学校附属医院。命名为"邵逸夫医院"。1994年5月，竣工开诊。该医院建成后，最初五年由美国罗马琳达(Loma Linda)大学医学院、医学中心协助管理，1999年移交中方管理。
1991年3月 成立浙江医科大学儿科研究所
1991年3月 中共浙江省委任命吕世亭为党委书记，副校长。
1992年1月 在原校中心实验室改建的基础上，建立医学分子生物学实验室。面向全省开放，为省级重点实验室。
1992年６月 学校第六届党代会选举并经中共浙江省委批准任命吕世亭为党委书记，郑树、刘秀华、水泉祥为副书记；任命郑树为校长，吕世亭，丁德云、陈昭典、章锁江、高法根为副校长。
1993年5月 经浙江省教委批准，成立浙江医科大学成人教育学院。设有成人学历教育、毕业后教育、继续教育、岗位培训等。
1993年10月 成立第一临床医学院（医学一系、护理系、儿科学)、第二临床医学院（医学二系、营养系、妇产科系)和基础医学院。
1994年 开始招收临床医学系儿科专业
1994年12月 成立妇产科学、儿科学和生物医学工程学研究所。
1994年10月 决定成立浙江医科大学公共卫生学院。下设预防医学系、妇幼卫生系、卫生管理系、卫生检测中心。
1996年 教育部批准浙江医科大学成立“国家理科人才基地”。
1996年８月 正式成立儿科系
1996年10月23日 中共浙江省委任命黄书孟为浙江医科大学党委书记，李兰娟、李鲁、为副书记。
1996年10月29日 浙江省人民政府任命陈昭典为浙江医科大学校长。黄书孟、水泉祥、章锁江、来茂德、余海为副校长，后又增补王珉元为副校长。
1996年11月国家教育委员会成为“基础医学国家理科人才培养基地”，于1998年开始招生基础医学专业的第一届学生。
1997年 开始筹建基础医学专业。
1997年5月 通过省政府重点学科建设项目的可行性论证，确定传染病学、肿瘤学、医学分子生物学、劳动卫生与职业病学、生物医学工程、外科学、药理学为七个重点学科。省人民政府决定，从1997年起五年内投入6000万元人民币（学校自筹6000万元，共计1.2亿元)，用于浙江医科大学的重点学科项目建设。
1997年12月 撤消原药学系建制，成立浙江医科大学药学院。下设药学系、药剂系、成教部。
1998年 组建基础医学医学专业并开始招生。
1998年 国家教委批准病毒性传染病重点实验室设立博士后流动站
五、浙江大学医学院
1998年9月15日 根据国务院指示，浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并组建成立新浙江大学。
1999年7月 组建成立医学院。聘请中国科学院院士、中国人民解放军第二军医大学陈宜张教授为医学院院长；任命李鲁为常务副院长；余海、郑树森、方理本、方平楚、姚耿东、张苏展为副院长。同时任命李鲁兼医学院党委书记、徐亮、赵金秀为副书记。
1999年8月18日 附属口腔医院暨浙江省口腔医院成立。
1999年9月 学院在附属一院组建成立浙江省器官移植重点研究实验室。
2000年９月起，临床医学停招五年制全部改招七年制（医学硕士)学生，共计365名。
2001年 病毒性传染病研究室被卫生部列为重点实验室。
2001年3月 卫生部多器官联合移植研究重点实验室在附属一院成立。
2001年11月 学校对医学院党政领导班子作了调整：姒健敏任常务副院长，李鲁（兼)、黄荷凤、陈智、何超（兼)任副院长。
2001年12月 郑树森当选为中国工程院院士。
2002年1月 增补罗建红为医学院副院长。
2002年6月18日学校党委决定：陈智任中共浙江大学医学院委员会委员、书记。
2002年8月 卫生部批准把病毒性传染病重点实验室更名为卫生部传染病重点实验室。
2003年4月 《全科医学临床与教育》杂志创刊。
2003年11月11日 学校决定陈宜张教授不再担任医学院院长职务，同时任命巴德年教授为医学院院长。
