药学院是山西医科大学的二级学院，前身为山西医科大学药学系，始建于1979年，同年开始招收药学专业学生。1999年经国家教委批准更名为山西医科大学药学院。1987年招收硕士研究生，现有山西省唯一的一个药学一级学科硕士点，涵盖了药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、药理学等全部二级学科硕士学位授予点，与复旦大学药学院和华中科技大学联合培养博士生。是一个拥有多层次药学高级人才培养模式、集教学、科研与开发、社会服务为一体的教育机构。至今，已为社会培养药学人才3000多人。目前，在校本科生共有600余人，博士和硕士研究生近50人。
    药学院以本科教育为主，有药学、药物制剂、中药学三个本科专业。设有5个综合教研室、3个综合实验中心、1个药物研究所、1个山西省中医药现代工程技术研究中心、1个院行政办公室、1个培训基地。
学院拥师资力量雄厚，现有教职工58人，其中教授9人，副教授11人；博士生导师1人，硕士生导师12人；国务院政府特殊津贴获得者1人；山西省教学名师2人；教育部优秀骨干教师和新世纪优秀人才各1人；省高校首批青年学术带头人及骨干教师各1人；校"跨世纪学科带头人"培养对象4人；校中青年骨干教师16人。博士学位和硕士学位者占青年教师总人数的91.3%。35岁以下青年教师具有硕士以上学位者已达100%。
    近5年来，药学院教师主持的科研项目共60项，其中10项国家级重大科研项目（包括国家重点科技攻关项目，国家自然科学基金项目和国家教育部高等学校优秀教师骨干项目)，省部级34项，省级教改项目4项，另外有两名教师参与了一项国家863项目。90%以上的教师主持或参加了校级以上的科研项目。近5年来，取得了省部级科技成果奖12项、省教学成果奖1项；获国家发明专利13项，出版学术专著5部，在国内外核心专业刊物上发表了较高水平的研究论文300余篇，被SCI收录30多篇，在新药的研制与开发方面取得了突破性进展，获得直接经济效益200多万元，协助和指导企业研发新药10余项。