中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院（以下简称所院)成立于1978年，其前身为1958年成立的中国医学科学院实验医学研究所和1921年建立的北京协和医学院基础医学系。所（院)现有中国科学院院士3人，中国工程院院士3人，长江学者特聘教授4名，国家杰出青年基金获得者10名，正副教授93名。所（院)以学科建设为基础www.med126.com，重视科研发展与人才培养。现有14个学系和一个对国内外开放的医学分子生物学国家重点实验室，承担着科研和教学两大任务。
在科研方面，重点强调疾病相关基因的功能基因组、基因表达调控、蛋白质组学、分子免疫以及医学遗传等方面的基础研究以及与临床相结合的转化医学研究。试图从分子、细胞、组织、器官到整体水平，从基础到临床，以系统整合生物学的思维方式及可能的方法，探讨疾病发生、发展的规律，为制定适合我国国情的重大疾病的早期预警和干预策略，以及防治方案提供科学依据。
目前承担着国家重点基础研究发展计划（973)、重大科学研究计划、国家高技术研究发展计划（863)、科技支撑计划及国家自然科学基金重大、重点、创新研究群体、杰出青年基金、教育部/外国专家局创新引智计划等100多项国家级科研项目。“十五”以来共发表科研论文1000多篇，其中在国际著名的Nature、Nat Med、Nat Genet、PNAS、Blood、Circulation、JCI、Cancer Res、JBC、NAR、MCP、Am J Hum Genet等杂志上发表了多篇学术论文。获得国家自然科学二等奖1项、中华医学科技一等奖3项、二等奖1项、高等学校科学技术一、二等奖各一项、北京市科技进步一、二等奖各1项。“十五”以来到位科研经费逐年递增。
教学方面承担着北京协和医学院八年制医学本科生和硕、博士研究生的教学任务，是国家首批批准的博士学位和硕士学位授予单位，现有博士生导师48名，硕士生导师31名，在读研究生400多人，并建立了基础医学博士后流动站。生物学（生化及分子生物学、细胞生物学、遗传学、生物物理学)成为国家级一级重点学科；药理学、免疫学和病理-病理生理学为国家级二级重点学科。
在科技部、卫生部的领导和支持下，所（院)建立了先进的实验技术支撑条件和良好的学术环境。仪器中心拥有最先进的生命科学实验仪器和设备www.med126.com，通过了“中国实验室国家认可委员会”审查，获得国家实验室认可，可为在分子和细胞水平上进行一系列样品制备、纯化、分析、检测和鉴定等实验提供系统的技术支持。基础医学细胞中心为国内外医学研究提供规范的细胞株和细胞培养服务。所（院)还拥有达到SPF级的实验动物中心。最近为进一步加强转化医学研究基础所成立了组织病理中心。中国医学科学院蛋白质组学研究中心、组织工程研究中心和纳米生物医学联合研究中心也挂靠在所（院)。
